求助老师确认我使用MS中GULP模块ReaxFF力场计算反应路径的方法是否正确

dummy1

li447fan 发表于 2020-6-5 16:36
可是对于比较大的有机体系，比如甘油三酯，利用reaxff进行minimization很难收敛。我就只好用DFT先优化结 ...

你用的哪个文献的力场，需要找能合理描述你的体系的力场，至少要类似的体系

li447fan

dummy1 发表于 2020-6-5 22:27
你用的哪个文献的力场，需要找能合理描述你的体系的力场，至少要类似的体系

用的是ADF自带的CHO力场

dummy1

li447fan 发表于 2020-6-6 11:04
用的是ADF自带的CHO力场

是燃烧branch的吗？可以试试溶液branch的，建议看看https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.8b03826 这篇文章是不是适合你的体系。

li447fan

dummy1 发表于 2020-6-7 04:02
是燃烧branch的吗？可以试试溶液branch的，建议看看https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.8b03 ...

额，谢谢大佬，不过体系还没有大到聚合物那种级别。而且做的是热裂解，可能不需要溶液branch的。
主要是npt调密度时经常会出现图片的这种现象，有这种小分子链和单独的氢原子出现：我怀疑可能有三种原因：1.npt选择的压力参数偏大，50MPa（有尝试过调整为20MPa的，我记着那一回好像还是有这种现象）；2.采用的DFT-GGA：PBE优化的各个三酯分子的初始结构，用ReaxFF优化都无法收敛，所以出现的这种情况；3.体系分子量比较大，视图出现错误。不知道大佬有没有遇到过这种情况，我很难受。。。

dummy1

li447fan 发表于 2020-6-7 17:07
额，谢谢大佬，不过体系还没有大到聚合物那种级别。而且做的是热裂解，可能不需要溶液branch的。
主要是 ...

可能是你的开始的结构在reaxff里面不合理， 建议建模以后先跑一个很低浓度的minimization，然后逐渐把体系密度压缩到实际浓度，最后再加大压力到你目标条件。再一个试图看到的结构断裂是不是真的断也不好说。

li447fan

dummy1 发表于 2020-6-8 03:59
可能是你的开始的结构在reaxff里面不合理， 建议建模以后先跑一个很低浓度的minimization，然后逐渐把体 ...

十分感谢大佬的建议！

taotao2号

dummy1 发表于 2020-6-8 03:59
可能是你的开始的结构在reaxff里面不合理， 建议建模以后先跑一个很低浓度的minimization，然后逐渐把体 ...

请问大佬有没有分解反应的一些操作例子

dummy1

taotao2号 发表于 2020-6-10 20:26
请问大佬有没有分解反应的一些操作例子

不明白你的意思。。。。
reaxff力场的开发针对性很强，不是说力场文件里含有你的体系的元素就适合研究你的体系，一般要和发表文章的体系类似的才可以用。

labulabi

dummy1 发表于 2020-6-11 13:57
不明白你的意思。。。。
reaxff力场的开发针对性很强，不是说力场文件里含有你的体系的元素就适合研究你 ...

请问老师，在模型建完后不是应该先跑非反应力场的分子动力学退火，然后运行Reaxff吗？

goosebay

li447fan 发表于 2020-6-8 09:58
十分感谢大佬的建议！

大佬你好呀，在社区遇到一个做热解的不容易呀，嘻嘻。请问你是用ms还是lammps做的啊？这里面遇到的问题解决了吗？

lixinyu

dummy1 发表于 2019-9-13 03:09
首先一点，你要用合适的力场参数。对于reaxff，你会发现很多力场文件都含有碳氢氧元素，这是参数优化所需， ...

老师您好，为什么我用reaxff计算聚酯的热分解反应为什么刚开一开始，体系中的氢原子就全部炸飞了。试了很多个立场感觉都不对。。

dummy1

lixinyu 发表于 2021-10-9 09:42
老师您好，为什么我用reaxff计算聚酯的热分解反应为什么刚开一开始，体系中的氢原子就全部炸飞了。试了很 ...

初始构型不合理

FLFL

你好，我是个初学者，请问你发的图10的这个界面为啥我在MS的GULP模块下没有找到呢，图9有的，请问图10是在哪里打开的呢？

Zhen-Chung

大佬你好，多年后的打扰，我尝试复刻了你的仿真，发现NPT是没法跑的，但是NVE是可以跑动的，不知道大神你现在了没了解这是怎么回事嘞