VMD1.9.2源码编译安装

greatzdk

VMD 1.9.2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
VMD作为分子模拟尤其是分子动力学最稳健强大的视图工具，用途十分广泛。然而无论是在win下还是类unix系统下，官方均有提供编译好的
二进制版本，安装也十分方便。其默认的是tcl解释器，功能强大。但VMD同样支持python作为解释器，对于偏爱python的同学，官方预编译
的版本1.9.2仅支持python2.5，且缺少如numpy等的模块，如果想使用python来辅助扩展vmd的功能，可以通过源码编译来产生对于python支持更全面便利的VMD。
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

系统环境：Intel Q9550，64，AMD/ATI TV710, Centos6.6，Gcc4.4.7，Python2.6，cmake 2.8.12.2，非root
到网站http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载最新版的vmd-1.9.2源码。解压在你想安装到的目录如/home/xxx/program/vmd。

提前安装的软件
1 fltk（系统自带）
如果系统未安装，使用yum install fltk fltk-devel来安装，或者查看vmd-1.9.2.src.tar解压后vmd-1.9.2下lib文件夹中fltk中说明，按照说明安装。
2 actc
在http://plunk.org/~grantham/public/actc/下载actc-1.1.tar.gz，解压到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/actc中，并直接make进行编译，
如果有libactc.a出现则算是编译成功了。需要额外信息请查看README。3 libsball
到网站http://jedi.ks.uiuc.edu/~johns/projects/libsball/下载libsball-1.0.tar.gz，解压到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/libsball, 同样make
进行编译，得到libsball.a。
4 stride
到网站http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/或者http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/extsrcs/Stride_src.tar.Z下载stride的源码，解压到
/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/stride, make编译得到二进制stride，然后mv stride stride_LINUXAMD64。
5 surf
在网站http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/extsrcs/surf.tar.Z下载surf.tar.Z, 解压到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/surf, make编译得到surf,
更名为surf_LINUXAMD64。
6 VRPN
下载最新版本VRPN 07.33，http://www.cs.unc.edu/Research/vrpn/。解压到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/vrpn，使用cmake编译。步骤如下：
cd /home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/vrpn
mkdir build
cd build
cmake ../ -DCMAKE_INSTAL_PREFIX=/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/vrpn
make && make install
基本编译过程如上，如果系统缺少boost，则需要安装合适版本的boost，详细请查看文件README.Compiling或者从软件网站获得指导。
编译成功后，你会看到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/vrpn目录下新增加./include, ./bin, ./lib, ./share四个目录。
7 tachyon
到http://jedi.ks.uiuc.edu/~johns/raytracer/files/下载最新的0.99beta6版Tachyon 0.99 beta 6，稳定版Tachyon 0.98.9版本较低，不可以。而最新的
0.99 beta 6代码有bug，需要更改。
将tachyon-0.99b6.tar.gz解压到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/tachyon，步骤如下：
cd /home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/tachyon
cd unix
编辑Make-config，将支持JPEG和PNG部分全部注释掉，因为Tachyon 0.99 beta 6的bug问题，使得支持JPEG和PNG文件读写在最后编译vmd时候报错，
由于能力有限并没有除去bug。只能牺牲这一功能，期待高手解决这一问题。
修改SPACEBALL_HOME=/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/libsball
cd ../demosrc
修改spaceball.c第35行，将port改为serialport。修改109行的括号，源码漏掉几个括号。
cd ../unix
make linux-64-thr
cd ../compile/linux-64-thr
cp tachyon ../../../tachyon_LINUXAMD64
8 tcl/tk
下载tcl-8.5.18和tk-8.5.18
分别解压到/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other
编译tcl
./configure --prefix=/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other/tcl/8.5.18
make -j4 && make install
编译tk
./configure --prefix=/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other/tk/8.5.18 --with-tcl=
/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other/tcl/8.5.18/lib
make -j4 && make install
当然也可以在make install之前输入make test，也不是十分的必要。

编译plugins
cd /home/xxx/program/vmd/plugins
设置tcl头文件和库文件环境变量
export TCLINC=-I/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other/tcl/8.5.18/include
export TCLLIB=-F/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other/tcl/8.5.18/lib
make LINUXAMD64
mkdir /home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/plugins
export PLUGINDIR=/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/plugins
make distrib

编译VMD
设置python环境变量
export PYTHON_INCLUDE_DIR=/usr/include/python2.6
export PYTHON_LIBRARY_DIR=/usr/lib64
export NUMPY_INCLUDE_DIR=/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/core/include
export NUMPY_LIBRARY_DIR=/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/core/lib

设置tcl/tk的环境变量
export TCLTK=/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/other/
export TCL_INCLUDE_DIR=$TCLTK/tcl/8.5.18/include
export TCL_LIBRARY_DIR=$TCLTK/tcl/8.5.18/lib
export TK_INCLUDE_DIR=$TCLTK/tk/8.5.18/include
export TK_LIBRARY_DIR=$TCLTK/tk/8.5.18/lib

cd /home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/
编辑configure文件
$install_bin_dir="/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/bin";
$install_library_dir="/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/vmd";

然后对最开始部分提前安装的小软件的头文件和库文件位置变量进行正确设置
设置tachyon如下
$libtachyon_dir="/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/tachyon";
$libtachyon_include="-I/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/tachyon/src";
$libtachyon_library="-L/home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/lib/tachyon/compile/linux-64-thr";
设置python如下
$python_libs = "-lpython2.6 -lpthread";
设置netCDF
$netcdf_include = "-I/usr/include";
$netcdf_library = "-L/usr/lib64";
libsball和VRPN等如法炮制，这里不再赘述。

./configure LINUXAMD64 OPENGL FLTK TK IMD LIBSBALL XINERAMA XINPUT LIBTACHYON VRPN
NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT GCC
cd src && make veryclean
make
如果出现“No resource compiler required on this platform”，说明编译顺利，然后安装
make install
当看到"Make sure /home/xxx/program/vmd/vmd-1.9.2/bin is in your path.
VMD installation complete.  Enjoy!"说明安装成功。


打开vmd，在命令console中 按enter 然后输入 gopython 应该会看到python的标志">>>"
然后可以尝试输入import numpy，如果安装正确，则会正常加载numpy模块。具体使用请参考VMD的user guide。

注意事项
1 编译VMD时候，可能会出现某些库文件找不到，如libfl.so。可以尝试使用yum provides libfl.so 找到需要安装的rpm。
如libll.so是缺lex程序，libfl.so则是缺少flex。
2 扩展python功能，使用pip安装更多的模块可以加大VMD的python解释器的功能。


本文参考两个博客，链接如下：
1 http://blog.sciencenet.cn/blog-355217-657665.html
2 https://loadmol.wordpress.com/20 ... n-2-7-and-cuda-5-0/

greatzdk

提前安装软件部分第8步--安装tcl/tk，安装前的安装测试即make test 是很有必要的，如果make test并未完全通过，部分失败，诸如字体大小之类，很可能导致安装的一些需要tcl/tk图形界面的插件界面的显示出现问题。所以补充说明一下。

数据挖掘

可以在 windows 下面编译安装吗

Daniel_Arndt

突然发现了这么一个玩意： https://github.com/Eigenstate/vmd-python 。

greatzdk

Daniel_Arndt 发表于 2018-12-23 01:04
突然发现了这么一个玩意： https://github.com/Eigenstate/vmd-python 。

好玩意儿