求助~~amber动力学模拟前怎么样添加键的信息呢

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-17 20:32:20

本帖最后由 zzzl 于 2019-9-17 20:34 编辑

大家好：
求助——在跑动力学之前，写tleap生成拓扑文件的时候，可不可以自己设定键连信息？（一个残基和底物应该有键连，结果没有，这样跑完tleap会在不该加H的位置加上氢）
谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-18 18:21:29

leap里可以用bond命令添加键

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-19 11:13:36

本帖最后由 zzzl 于 2019-9-19 11:18 编辑

sobereva 发表于 2019-9-18 18:21
leap里可以用bond命令添加键

谢谢老师的回复~ 我按照手册这么添加了一下加键的命令，还是报错了，还想请教下您。leap.log文件过大，只上传了最后的报错行。
我的配体就是图中名为ZER的文件，受体是19320的文件。想要添加的键是ZER种名为N,C的原子分别与19320中102CYS中的C，104SER中的N相连。麻烦老师帮忙解答一下，万分感谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-19 16:18:08

你用desc命令看看complex.265就知道该怎么写了

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-19 16:48:14

或者也可以plumed大法好
直接在你想成键的两个原子之间加一个harmonic restraint

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-19 19:08:43

sobereva 发表于 2019-9-19 16:18
你用desc命令看看complex.265就知道该怎么写了

好的谢谢老师啦~

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-19 19:09:33

wuzhiyi 发表于 2019-9-19 16:48
或者也可以plumed大法好
直接在你想成键的两个原子之间加一个harmonic restraint

嗯嗯感谢您的回复~我试试，有问题再跟您请教

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-20 21:26:08

sobereva 发表于 2019-9-19 16:18
你用desc命令看看complex.265就知道该怎么写了

老师，对不起又来打扰您了。我没用过desc命令，也尝试在网上搜索过，能力有限没找到。能向您请教一下吗？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-21 00:37:15

zzzl 发表于 2019-9-20 21:26
老师，对不起又来打扰您了。我没用过desc命令，也尝试在网上搜索过，能力有限没找到。能向您请教一下吗？ ...

是leap里的命令，看手册

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-21 10:17:50

sobereva 发表于 2019-9-21 00:37
是leap里的命令，看手册

好的谢谢老师

zzzl · 发表于 Post on 2019-9-21 19:10:09

大家好，又来请教了。解决了原子写法的错误，又出现了新的错误。麻烦大家帮忙解答~谢谢

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-23 17:48:30

e2e: DISTANCE ATOMS=123,456
restraint-e2e: RESTRAINT ARG=e2e KAPPA=500 AT=1.05

把plumed.dat 这样写就是在原子123和456之间放一个键长为1.05A弹性系数为500的键

zzzl · 发表于 Post on 2019-10-7 15:26:55

wuzhiyi 发表于 2019-9-23 17:48
e2e: DISTANCE ATOMS=123,456
restraint-e2e: RESTRAINT ARG=e2e KAPPA=500 AT=1.05

好哒，谢谢您啦~我再尝试一下，十分感谢

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