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[综合交流] 求助:怎么让盒子内的分子有序排列?

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看到文献中的分子链都是平行排列的

通过packmol生成的是随机的,即使是限制平行于z轴也会是杂乱的,请问要怎么生成像这种平行排列的?

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发表于 Post on 2019-9-25 01:53:28 | 只看该作者 Only view this author
使用constrain_rotation避免随意旋转,或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 20:10:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转,或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了

谢谢老师,之前限制加的不对,现在好了

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发表于 Post on 2019-9-25 22:08:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 01:53
使用constrain_rotation避免随意旋转,或者定义两端的原子出现的盒子位置范围

这里都提了

sob老师好,我想模拟纯有机分子的固态发光性能,打算在晶体结构的基础上用QM/MM来考虑MM层分子对QM层分子的影响,但是实验文献中没有给出单晶结构。请问可以用Packmol先跑一个有序排列的结构,再在NPT下跑一下MD,然后在跑完MD得到结构的基础上再做QM/MM可以么?

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发表于 Post on 2019-9-26 03:44:10 | 只看该作者 Only view this author
暖空 发表于 2019-9-25 22:08
sob老师好,我想模拟纯有机分子的固态发光性能,打算在晶体结构的基础上用QM/MM来考虑MM层分子对QM层分子 ...

可以试试,但跑成理想的晶体没那么容易
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-26 09:57:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-26 03:44
可以试试,但跑成理想的晶体没那么容易

好的,谢谢老师。

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