请教Sob老师和各位大佬，如何在MD里计算<M>(总偶极矩平均)

Riddermark · 发表于 Post on 2019-9-25 16:44:11

一个系统里因为分子的热运动，这个系统里的平均偶极矩应该是为0吧，那么怎么在GMX里计算一个盒子的平均偶极矩？

Riddermark · 发表于 Post on 2019-9-25 16:45:29

还有哇，我用gmx dipoles算出来<M_x> <M_y> <M_z>的和也不是为0的，这是为什么呢？是我计算错了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-26 04:41:04

就是用gmx dipoles来算。不会那么恰好为0。算出来不为0是正常的

Riddermark · 发表于 Post on 2019-9-26 08:39:47

sobereva 发表于 2019-9-26 04:41
就是用gmx dipoles来算。不会那么恰好为0。算出来不为0是正常的

谢谢sob老师，请问老师，有没有相关的资料推荐我看看呢，想深入了解一下

Riddermark · 发表于 Post on 2019-9-26 17:03:20

sobereva 发表于 2019-9-26 04:41
就是用gmx dipoles来算。不会那么恰好为0。算出来不为0是正常的

老师，请问如果平均总偶极矩不为0，不就像多了几个被极化的偶极子了吗？不就像一个电容器一样，边缘带电了？这样对模拟结果有影响吗

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-27 03:20:10

Riddermark 发表于 2019-9-26 17:03
老师，请问如果平均总偶极矩不为0，不就像多了几个被极化的偶极子了吗？不就像一个电容器一样，边缘带电 ...

诸如模拟一个水盒子，每个时刻都不可能里面的水之间的偶极矩经过矢量和计算后恰好各个方向都为0，整体肯定是有一定数值的。而且盒子的总偶极矩的方向、大小都随时间波动。诸如计算介电常数正是利用偶极矩的波动情况进行考察的。

Riddermark · 发表于 Post on 2019-9-27 08:36:53

好的，谢谢老师

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