求助：RDG填色等值面与填色散点图的绘制问题

moluren · 发表于 Post on 2019-9-25 18:15:44

使用multiwfn+vmd获得体系的相互作用能填色等值面图（三个.cub文件），现在想把填色散点图绘制出来，通过学习“绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法”，掌握了例子中绘制散点图的绘制方法，但是现在有疑问，如何获得与RDG分析得到的填色等值面相对应体系的.wfn文件呢？使用GROMACS生成的文件中没有包含GTF信息的文件，请各位老师指导。

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-25 21:06:29

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

moluren · 发表于 Post on 2019-9-25 22:43:25

老师，用GROMACS得到的.pdb  .gro  .cub .xyz类型的文件都不包含GTF信息，不能够转化为.wfn格式的文件，该如何处理？
      只有.wfn格式的文件才能够去载入multiwfn得到.txt文件，进而再用gnuplot去绘制RDG填色散点图？
      用.cub格式的文件导入mutiwfn得到的散点图是空白的。
请问老师，接下来该怎样做，才能得到与RDG分析得到的.cub文件相匹配的填色散点图呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-26 03:30:07

你把结构文件用multiwfn的主功能100的子功能2转化成量化程序输入文件，跑个单点，得到含有波函数信息的文件。.wfn文件怎么用量化程序产生博文里写得极其清楚
显然不仅限于.wfn，其它的Multiwfn支持的含有波函数信息的诸如.molden、.fch、.wfx等也可以用于RDG分析。仔细、反复阅读和理解博文。博文写得足够清楚，没有任何歧义
cub文件显然不能用于RDG分析目的。如果是已经有了RDG和sign(lambda2)rho的cube文件，想避免重新做一次RDG计算而直接得到散点图倒是有办法
只包含结构信息的文件只能做promolecular近似的RDG

moluren · 发表于 Post on 2019-9-26 14:19:19

好的，谢谢sob老师的指导，自己先去看看博文。

moluren · 发表于 Post on 2019-9-26 14:23:49

'如果是已经有了RDG和sign(lambda2)rho的cube文件，想避免重新做一次RDG计算而直接得到散点图倒是有办法'，还想请教老师，这个办法在那篇博文中？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-27 03:40:33

moluren 发表于 2019-9-26 14:23
'如果是已经有了RDG和sign(lambda2)rho的cube文件，想避免重新做一次RDG计算而直接得到散点图倒是有办法'， ...

看手册3.100.1节Special usage部分

moluren · 发表于 Post on 2019-9-27 19:14:03

谢谢sob老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：RDG填色等值面与填色散点图的绘制问题