计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15853|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 请问从何种角度去比较两个络合反应的速度呢?

[复制链接 Copy URL]

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
比如Cu离子和两种不同的配体络合反应?
看文献发现有的络合物虽然更稳定,但是络合反应较慢;反之,有的不够稳定但是很快。
谢谢sob老师。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-7-17 22:21:18 | 只看该作者 Only view this author
稳定性一般就计算配位能。
但络合反应速度比较复杂,从量化上不太好考虑。虽然可以做从头算(或半经验)动力学模拟来考察,但很昂贵。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-18 16:53:05 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2015-7-18 20:01 编辑
sobereva 发表于 2015-7-17 22:21
稳定性一般就计算配位能。
但络合反应速度比较复杂,从量化上不太好考虑。虽然可以做从头算(或半经验)动 ...


谢谢老师
反应速率快慢我不大清楚是各种机理。
可否从过渡态或通过逐渐靠近过程中能量变化快慢的角度来分析。
我看有的文献中,固定金属与配体中某一个原子之间的距离,优化结构并计算能量;然后改变距离继续计算优化后的能量,用体系能量和距离做曲线,能量变化平缓的的反应速度快。
不知道是否合理?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-7-19 07:39:26 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-7-18 16:53
谢谢老师
反应速率快慢我不大清楚是各种机理。
可否从过渡态或通过逐渐靠近过程中能量变化快慢的角度 ...

你说的就是金属和配体距离间的柔性扫描
如果文献用这种方法得到的结论比较合理,能被实验数据所支持,你也可以效仿。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-19 09:46:42 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-19 07:39
你说的就是金属和配体距离间的柔性扫描
如果文献用这种方法得到的结论比较合理,能被实验数据所支持,你 ...

谢谢老师
请问柔性扫描有啥关键词没?需要注意什么

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2015-7-19 11:05:23 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-7-19 09:46
谢谢老师
请问柔性扫描有啥关键词没?需要注意什么

柔性扫描会的每一步会对非扫描的变量进行优化,必须在冗余内坐标下进行。写opt=modredundant,然后在分子坐标后面空一行写要扫描的变量。
原子1  原子2  [原子3]  [原子4]  [初值]  S  步数  步长
例如17 15 1 2 0.0 S 18 10.0表示扫描7-15-1-2二面角,起始值为0.0,18步,步长10度
例如3 5 S 15 0.1代表扫描3-5键长,起始值就是坐标里定义的值,15步,每步0.1埃。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-19 16:25:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2015-7-19 16:59 编辑
sobereva 发表于 2015-7-19 11:05
柔性扫描会的每一步会对非扫描的变量进行优化,必须在冗余内坐标下进行。写opt=modredundant,然后在分子 ...

谢谢老师
比如如果步数10次,那么是不是会出现十个优化后的输出文件呢?我想知道每一步的能量。
还有就是,如果其中某一步的优化没有成功,会咋样呢?

谢谢老师,麻烦您了。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2015-7-19 18:38:29 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-7-19 16:25
谢谢老师
比如如果步数10次,那么是不是会出现十个优化后的输出文件呢?我想知道每一步的能量。
还有就 ...

只有一个输出文件,最后会有汇总,告诉你每一步柔性扫描的能量,用gview也可以看到扫描曲线。
其中一个优化失败任务就停止。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-19 20:14:20 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-19 18:38
只有一个输出文件,最后会有汇总,告诉你每一步柔性扫描的能量,用gview也可以看到扫描曲线。
其中一个 ...

谢谢sob老师 您太给力了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 23:03 , Processed in 0.159584 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list