计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12493|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助模拟离子液体的分子力场的选择

[复制链接 Copy URL]

48

帖子

0

威望

277

eV
积分
325

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师您好,请问在模拟离子液体时,选用什么力场比较合适?我用的软件是gromacs,请问可以用amber力场吗?

25

帖子

0

威望

770

eV
积分
795

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2019-9-28 11:25:47 | 只看该作者 Only view this author

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120209

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2019-9-28 13:41:46 | 只看该作者 Only view this author
GAFF也可以,但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

48

帖子

0

威望

277

eV
积分
325

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-28 13:55:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 13:41
GAFF也可以,但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

谢谢老师的解答!请问AMBER是不可以的吗?

48

帖子

0

威望

277

eV
积分
325

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-28 13:56:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 13:41
GAFF也可以,但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

我记得也在文献中看到过用AMBER的。

512

帖子

0

威望

4062

eV
积分
4574

Level 6 (一方通行)

truffle

6#
发表于 Post on 2019-9-28 14:31:03 | 只看该作者 Only view this author
OPLSAA用得比较多
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

376

帖子

0

威望

2723

eV
积分
3099

Level 5 (御坂)

尊贵的地三鲜骑士

7#
发表于 Post on 2019-9-28 14:45:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 13:41
GAFF也可以,但是不能有硼
参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689

请问老师,oplsaa力场文件的原子类型的描述太少了,有没有详细的参考文献可供参考呢?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

48

帖子

0

威望

277

eV
积分
325

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-28 15:13:11 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-9-28 14:31
OPLSAA用得比较多

请问胺溶液也适用吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120209

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2019-9-29 02:06:21 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-9-28 13:55
谢谢老师的解答!请问AMBER是不可以的吗?

AMBER是给生物分子体系用的,GAFF是对AMBER的广义化,新添了更多原子类型和参数,专门描述五花八门的有机分子。描述离子液体用AMBER而不用GAFF是很莫名其妙的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1149

帖子

6

威望

6635

eV
积分
7904

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2019-9-29 09:18:20 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-9-28 14:45
请问老师,oplsaa力场文件的原子类型的描述太少了,有没有详细的参考文献可供参考呢?

http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
少年爱吃地三鲜 + 5

查看全部评分 View all ratings

1149

帖子

6

威望

6635

eV
积分
7904

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2019-9-29 09:34:05 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-9-28 13:55
谢谢老师的解答!请问AMBER是不可以的吗?

你搜索一下GAFF的全称再问这个问题

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 10:45 , Processed in 0.259739 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list