求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-17 16:07:00

ene老师，我想请教下，我有一个含1000帧结构的xyz文件，想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17，36.....）出来整合成xyz，需要提取的帧数编号在VMD文件夹下存放，这种操作可以用tcl实现吗？应该怎么做呢？

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-17 16:28:10

shenmh3 发表于 2023-5-17 16:07
ene老师，我想请教下，我有一个含1000帧结构的xyz文件，想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17， ...

老师，我已经解决啦！不麻烦您啦

守月之殇 · 发表于 Post on 2023-6-9 10:24:41

本帖最后由守月之殇于 2023-11-16 22:02 编辑

谢谢老师分享

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2023-9-6 23:55:21

请问一下这个纵坐标的单位是百分号吗然后如果distribution那边的数值是0的话想对应到FE中应该怎么处理是需要把每一步的间隔调小一点吗？目前是10ps一帧，我的二面角一帧就从180°到0°了是不是我把一帧调成1ps就能看到转变的过程的FE了？

守月之殇 · 发表于 Post on 2023-11-16 21:57:48

请问老师，键角的脚本介绍中，“select1和select2分别定义了第一条向量的起点与终点，select3和select4分别定义了第二条向量的起点与终点”，这句话没太读懂什么意思，例如：水分子中两个氢的夹角(H-O-H)如何定义两个向量的起点与终点呀

xiaoj · 发表于 Post on 2023-12-18 10:56:29

少年爱吃地三鲜发表于 2019-12-26 16:37
请问老师，我想求主链上所有的二面角（大概400个）随时间的变化情况，该如果提取呢？正常要是一个二面角我 ...

您好，请问这个问题您解决了吗？我现在也遇到这个问题，多个二面角不知道如何去统计，可有偿。

Hahaaa · 发表于 Post on 2024-4-24 19:09:49

Jus 发表于 2023-1-29 14:58
老师您好，我对脚本不太熟悉，我想计算两个原子构成的向量与Z轴之间形成的夹角的度数，随着时间的变化。我 ...

啊啊您好！我也想计算两个原子与某个固定坐标轴所形成的夹角变化，请问您解决了吗，能否请教一下这个问题？感激不尽，折磨我很久了！（另外，楼主的脚本好像下载不了了，请问怎么办呀

HZLL · 发表于 Post on 2024-6-28 10:12:22

请问这个脚本怎么用可以得到淀粉葡萄糖残糖苷键之间的二面角φ（O5-C1-O1-C4′）和ψ（C1-O1-C4′-C3′），并绘制出拉式图？脚本命令行里需要修改什么内容吗

davi · 发表于 Post on 2024-7-21 14:51:55

本帖最后由 davi 于 2024-7-21 16:55 编辑

我测试了一下正戊烷分子，发现CH2-CH2-CH2-CH2二面角符合楼主的分布，但是对于CH3-CH2-CH2-CH2却集中在0°，感觉是不是不太对啊，按理说稳定构象应该是180°或者是-180°吧。我在想是不是楼主脚本中V1的距离V1 V2写反了，我和下面一样貌似能统计对

进击的小任 · 发表于 Post on 前天 09:37

感谢

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