底物和蛋白反应，生成产物前的亚稳定状态与生成产物后的状态，两者间结合能大小的问题

hddonghao · 发表于 Post on 2019-10-3 08:55:01

我想请问一下，理论上上，使用AutoDock进行分子对接时，我对接的一个是蛋白与产物中间体（继续反应会得到产物），另一个是蛋白和产物。那么，理论上这两种对接，得到的结合能，哪个大哪个小？如图所示，A是产物，B是产物生成前的亚稳定状态。若得到的对接自由能A低（-9.2kcal/mol），B高（-10.84kcal/mol），这样对吗？若对，那么该怎么解释呢，为什么会由结合能高的状态向低的状态转变，结合能高不是有利于结合吗，应该更稳定吧？

求指导，非常感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-4 04:40:00

以这种对接方式讨论意义不大，而且本身目前主流对接程序的打分函数和结合自由能基本没有什么相关性

hddonghao · 发表于 Post on 2019-10-4 22:43:48

sobereva 发表于 2019-10-4 04:40
以这种对接方式讨论意义不大，而且本身目前主流对接程序的打分函数和结合自由能基本没有什么相关性

好的，谢谢社长

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[分子对接] 底物和蛋白反应，生成产物前的亚稳定状态与生成产物后的状态，两者间结合能大小的问题