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[GROMACS] 求助Gromacs固液模拟的案例

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想根据案例学习一下固液体系的分子动力学模拟,求分享

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发表于 Post on 2019-10-7 07:03:50 | 只看该作者 Only view this author
话题太大,固液体系多了去了,确切到什么类型固体和液体。不同类型体系处理流程截然不同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-7 11:15:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-7 07:03
话题太大,固液体系多了去了,确切到什么类型固体和液体。不同类型体系处理流程截然不同

老师,我想模拟固体是锂金属(slab平板),液体是含有LiPF6的EC:DEC混合溶剂体系,模拟电池体系。
EC:DEC是有机小分子,我用TPPmktop生成了相应的**.itp文件;锂金属想用g_x2top生成锂slab的拓扑,想请问一下n2t文件改如何更改?

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发表于 Post on 2019-10-8 07:30:22 | 只看该作者 Only view this author
Li slab都不用用额外程序产生拓扑信息。Li slab是固定不动的,直接冻结就行了,就像一大堆独立的Li原子一样,每个Li是独立的[moleculetype]
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 11:41:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-8 07:30
Li slab都不用用额外程序产生拓扑信息。Li slab是固定不动的,直接冻结就行了,就像一大堆独立的Li原子一样 ...

老师,冻结使用freeze吗?Li原子的[moleculetype]是直接写入主top中吗?

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发表于 Post on 2019-10-8 21:02:13 | 只看该作者 Only view this author
adong 发表于 2019-10-8 11:41
老师,冻结使用freeze吗?Li原子的[moleculetype]是直接写入主top中吗?

是的。可以。
好奇问问,你见过有人用classical MD模拟你类似体系的么?用的是可极化力场还是普通fixed charge的力场?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 15:45:03 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2019-10-8 21:02
是的。可以。
好奇问问,你见过有人用classical MD模拟你类似体系的么?用的是可极化力场还是普通fixed  ...

好的,谢谢。有类似的,大多是研究电解液的成分对电池性能的影响。力场这块不太懂,只知道可以用OPLS-AA这类的全原子力场,刚接触

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