GAFF力场下有关原子类型的问题请教

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-10-10 20:27:38

以如图所示的分子为例，O2属于oh，那么O7具体属于什么原子类型呢？
而六个H是否都属于hc呢，麻烦老师

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-10-10 20:49:59

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-10-10 20:53 编辑

O2就是O? carbonyl oxygen 感覺不是ohO7感覺是OS
HC 沒問題

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2019-10-10 23:03:22

我都是直接用antechamber来做的。觉得有些原子，手动对照着$AMBERHOME/dat/leap/parm/gaff.dat看原子类型，总是模棱两可。

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-10-11 20:46:24

wuzhiyi 发表于 2019-10-10 20:49
O2就是O? carbonyl oxygen 感覺不是ohO7感覺是OS
HC 沒問題

谢谢您，我在学习一下

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-10-11 20:46:50

Daniel_Arndt 发表于 2019-10-10 23:03
我都是直接用antechamber来做的。觉得有些原子，手动对照着$AMBERHOME/dat/leap/parm/gaff.dat看原子类型， ...

谢谢~

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