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楼主 Author: kevin
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[Gaussian/gview] 请问用Gaussian怎么来算氢离子的能量呢?

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发表于 Post on 2018-9-5 08:33:34 | 只看该作者 Only view this author
好的,多谢sob老师。

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发表于 Post on 2019-5-8 21:48:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-24 20:09
对于气相,吉布斯自由能你就算个H+体系的freq任务就得到了。
没法说它的生成焓。如果是按照H2分子变成两 ...

H2 ↔ 2(H+ + e−),sob老师,如果计算这个过程的delta G,左边的G可以计算,右边的H离子的G也可以计算,电子的G能算吗?
或者如果按照您说的,这个电子的电离能该如何考虑呢?
请您指教。

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发表于 Post on 2019-5-9 08:46:51 | 只看该作者 Only view this author
dreamyeye 发表于 2019-5-8 21:48
H2 ↔ 2(H+ + e−),sob老师,如果计算这个过程的delta G,左边的G可以计算,右边的H离子的G也 ...
参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)幻灯片:
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2019-5-9 22:57:45 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2020-12-28 00:40:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-6 23:06
把氢离子的溶解自由能算进去就行了,以1M为参考态,质子的溶解自由能数值为-265.9kcal/mol

我现在算氧气+4个电子+4个氢离子到水这个半反应的电势,算出来还原电势竟然是6.多完全不符合实际,其中氢离子是用的优化胡 的自由能矫正能和sp计算后的液相单点能,溶剂是水,然后用1.89矫正得到的数据,这样算是否是有问题的呢?看老师您说用溶解自由能,所以应该是怎么算呢?

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发表于 Post on 2020-12-28 07:22:44 | 只看该作者 Only view this author
天气很好 发表于 2020-12-28 00:40
我现在算氧气+4个电子+4个氢离子到水这个半反应的电势,算出来还原电势竟然是6.多完全不符合实际,其中 ...

没细节没法说

记得氢离子(质子)在水中的自由能应当用现成的数值,见J. Phys. Chem. B, 110, 16066 (2006),别自己诸如靠隐式溶剂模型算在水中的自由能,否则肯定不靠谱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-5 11:52:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-28 07:22
没细节没法说

记得氢离子(质子)在水中的自由能应当用现成的数值,见J. Phys. Chem. B, 110, 16066 ( ...

sob老师,smd溶剂化模型dmso,可以用高斯来算H+吧。但是计算成功,为何打开log文件会报一个:Failure reading MO Data的警告呢,计算的能量结果对吗-0.214673hartree

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发表于 Post on 2024-12-5 16:44:31 | 只看该作者 Only view this author
kaier 发表于 2024-12-5 04:52
sob老师,smd溶剂化模型dmso,可以用高斯来算H+吧。但是计算成功,为何打开log文件会报一个:Failure rea ...

不行,如果查不到实验值的话,需要对H+做显式溶剂化来算才行
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-12-5 16:59:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-12-5 17:01 编辑
wzkchem5 发表于 2024-12-5 16:44
不行,如果查不到实验值的话,需要对H+做显式溶剂化来算才行

还真能查到实验值,也是21楼那篇文献的三个作者算的。J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2, 408–422有甲醇、乙腈、DMSO对应的质子溶解自由能的数据,分别是−263.5, −260.2, and −273.3 kcal/mol。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2024-12-5 17:37:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-5 16:44
不行,如果查不到实验值的话,需要对H+做显式溶剂化来算才行

楼下回复有相应的数据的话,可以直接进行隐式计算吗?另外对于实验中其他的有机分子,利用smd隐式模型必须要有实验值对应吗

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发表于 Post on 2024-12-5 21:21:49 | 只看该作者 Only view this author
kaier 发表于 2024-12-5 10:37
楼下回复有相应的数据的话,可以直接进行隐式计算吗?另外对于实验中其他的有机分子,利用smd隐式模型必 ...

对于任意的分子/离子而言,有三种计算溶解自由能的方式
(1)查实验值
(2)用隐式溶剂模型计算
(3)用显式/隐式混合溶剂模型计算
对于氢离子而言,如果能用(1)就用(1),否则用(3)
对于其他和溶剂作用很强的溶质(例如半径较小的离子,或者会和溶质配位的物质),用(3)
对于其他情况,用(2)

本质上讲,只有(2)和(3)都不行,才用(1),也就是如果计算注定算不准,就用实验值,本质上是一种绕开计算的方法。不是说计算值必须有实验值对应
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-12-6 18:38:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-5 21:21
对于任意的分子/离子而言,有三种计算溶解自由能的方式
(1)查实验值
(2)用隐式溶剂模型计算

谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-11-18 14:25:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-11-18 15:04 编辑
sobereva 发表于 2015-10-27 01:24
气相的H+的热力学性质直接对H+做个freq任务就完了,这没有任何问题。
如果总的反映焓变算得不对应当是其 ...

sob老师您好,我目前想得到气相Np+的吉布斯自由能,使用TPSSh-D3BJ结合小核赝势进行的计算。我先stable=opt后再读取稳定的波函数做freq,结果显示9圈收敛,然后我再检查此时波函数的稳定性时(stable=opt),仍然显示不稳定,于是我又读取当前优化至稳定的波函数又做了freq,同样是9圈收敛,做完后检查波函数还是不稳定,陷入循环了,请教sob老师这种情况该如何解决

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发表于 Post on 2025-11-18 18:51:29 | 只看该作者 Only view this author
Xx_DerEnTh 发表于 2025-11-18 14:25
sob老师您好,我目前想得到气相Np+的吉布斯自由能,使用TPSSh-D3BJ结合小核赝势进行的计算。我先stable=o ...

先解决SCF收敛问题,http://sobereva.com/61,解决它之前不要想freq的事情。收敛到最稳定波函数之后,再 freq Guess=Read。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2025-11-18 19:29:07 | 只看该作者 Only view this author
Xx_DerEnTh 发表于 2025-11-18 14:25
sob老师您好,我目前想得到气相Np+的吉布斯自由能,使用TPSSh-D3BJ结合小核赝势进行的计算。我先stable=o ...

检查稳定性分析的最低本征值是否特别接近0。
对于某些单原子分子,稳定性分析的最低本征值可能刚好等于0,因为数值误差可能会略小于0,导致程序认为波函数不稳定。但此时没有办法找到能量更低的波函数。所以如果稳定性分析的最低本征值特别接近0,即使程序报不稳定,也可以按稳定处理
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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