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[VMD] 在molclus做团簇构型搜索时怎么利用VMD显示团簇的构型

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本帖最后由 李海波 于 2019-10-19 12:32 编辑

我想照着《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》这篇文章用molclus程序做团簇构型搜索(没有用分子动力学的部分),得到了cluster.xyz文件,想把优化出的结构画出来,请问是直接把cluster.xyz放到VMD里面吗?但是我放进去之后显示的是一堆线,刚刚下载的VMD,还不会用,请问怎么才能得到图里这种的样子呢?

QQ截图20191019122129.png (180.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

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发表于 Post on 2019-10-19 12:54:56 | 只看该作者 Only view this author
graphics - representation,把drawing method改成CPK
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-31 22:09:28 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师的回答,还想请问老师,怎么设置才能把所有计算出的结构显示出来呢?

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发表于 Post on 2019-11-1 07:36:48 | 只看该作者 Only view this author
李海波 发表于 2019-10-31 22:09
感谢老师的回答,还想请问老师,怎么设置才能把所有计算出的结构显示出来呢?

xyz轨迹文件拖进去,在VMD Main窗口下方有滑条,可以切换帧。如果是指平铺显示,只能自行ps
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