计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12411|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 是否可以在Z轴的两个边界设置限制,而XY继续保留周期性边界条件?

[复制链接 Copy URL]

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问在Gromacs中 是否可以在Z轴的两个边界设置限制 XY继续保留周期性边界条件

我的体系是中间是磷脂膜(垂直于Z轴)和膜蛋白
膜上下层(内外)的离子浓度不同 想模拟在膜内外离子浓度差的驱动下 离子的过膜过程 但是如果XYZ都使用周期性边界条件 离子会直接通过Z方向的边界达到离子平衡
所以想在Z轴边界加上限制 不知道是否可以操作

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-10-23 23:58:34 | 只看该作者 Only view this author
可以pbc=xy的同时设wall挡住
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 00:12:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-23 23:58
可以pbc=xy的同时设wall挡住

社长 请问wall的密度一般多大比较合适 我主要想挡住水分子和Cl离子向外扩散

一般wall 原子用 C 可以吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-10-24 06:58:34 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-24 00:12
社长 请问wall的密度一般多大比较合适 我主要想挡住水分子和Cl离子向外扩散

一般wall 原子用 C 可以吗

这不是什么重点。实际试试便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 07:06 , Processed in 0.157760 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list