径向分布函数求配位数的问题求助

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-9 07:11:40

961106 发表于 2022-6-7 11:30
请问老师插件里的Histogram parameters里的定义是什么意思？谢谢老师

r的计算间隔、上限

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-8-3 13:56:13

sobereva 发表于 2020-1-7 19:53
name O and resname A
name H and water
其中name、resname根据实际来写

借楼想问一下老师，我想求镧原子的第一层配位数。于是我使用VMD统计了La周围O原子的径向分布函数，并求得了数密度。结果交点为10.4。那这说明配位数是10还是11？稀土镧的配位数一般为8或者9，在这里为10以上，这结果可信吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-4 02:20:01

护卫天使发表于 2022-8-3 13:56
借楼想问一下老师，我想求镧原子的第一层配位数。于是我使用VMD统计了La周围O原子的径向分布函数，并求得 ...

我不知道你是对单帧结构算的还是对轨迹统计的
对于单一结构的情况，Multiwfn直接提供了计算配位数的功能，在此文里搜“基于键长的分析”
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-8-4 02:55:57

sobereva 发表于 2022-8-4 02:20
我不知道你是对单帧结构算的还是对轨迹统计的
对于单一结构的情况，Multiwfn直接提供了计算配位数的功能 ...

老师好，我是对4000条轨迹进行统计。我给的图是通过在VMD中的选择语句：same fragment as within 2.8 of fragment 52(fragment 52代表镧原子），选取了代表性的符合用RDF求解配位数的某一帧。我的疑惑是能不能用RDF的计算结果表明镧在该体系的配位数？如何可以表明，我是不是就可以通过选择语句选择符合配位数的某一代表帧作高精度的DFT计算？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-4 05:55:01

护卫天使发表于 2022-8-4 02:55
老师好，我是对4000条轨迹进行统计。我给的图是通过在VMD中的选择语句：same fragment as within 2.8 of ...

你先看看看轨迹动画，了解配位键的变化情况。如果配位键数目始终没变，只是键长有所波动，没必要用rdf来说事，配位数始终等于Multiwfn对其中单一结构判断出来的。

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-8-4 14:06:48

sobereva 发表于 2022-8-4 05:55
你先看看看轨迹动画，了解配位键的变化情况。如果配位键数目始终没变，只是键长有所波动，没必要用rdf来 ...

老师好，我看了轨迹动画，是存在9、10、11的不同配位数，我分别选取9、10、11的某一帧结构在G16中做几何优化，得到的.fchk文件载入Multiwfn计算配位数，结果分别为10、11、11。我疑惑是该如何确定第一层配位数是多少？或者通过能量最低来确定？还有一点就是我发现配位数为11时，有一个水分子与La的距离达到了3.6埃，按理说这个水是没有配位的，但是在Multiwfn里计算配位数还是11.

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-5 08:19:28

护卫天使发表于 2022-8-4 14:06
老师好，我看了轨迹动画，是存在9、10、11的不同配位数，我分别选取9、10、11的某一帧结构在G16中做几何 ...

没具体结构没法说
可以对比自由能判断，但如果相差不悬殊，实际溶液中配位状态也可能是动态改变的
搞清楚配位数的判断原理，Multiwfn手册里都写了，别教条地理解数据

yixiansheng · 发表于 Post on 2023-11-20 17:01:03

naoki 发表于 2020-1-7 18:40
vmd算rdf的时候可以选择int 就是求积分 rdf第一个峰谷作垂线与积分曲线交点的y坐标值即为第一层配位数这 ...

那这两张图如何放到一起呢可以告知一下嘛，谢谢

naoki · 发表于 Post on 2023-11-20 18:38:16

yixiansheng 发表于 2023-11-20 18:01
那这两张图如何放到一起呢可以告知一下嘛，谢谢

vmd导出数据，用origin之类的软件做图

乐平 · 发表于 Post on 2024-11-4 10:12:59

请教一下，VMD 计算径向分布函数的时候，对于盒子是否有要求？
我用方盒子可以得到结果，但是对于六角盒子计算的时候，一直报错。报错信息里也没说原因，如下图所示。

体系是 SiC

晶胞参数为 9.28200 9.28200 10.12780 90.0000 90.0000 120.0000
已经在 VMD TKConsole 里设置了周期性边界条件

pbc set {9.28200 9.28200 10.12780 90.0000 90.0000 120.0000} -all
pbc box
pbc wrap -all

复制代码

难道 VMD 不能处理六角格子的 RDF ?

naoki · 发表于 Post on 2024-11-5 08:52:38

乐平发表于 2024-11-4 11:12
请教一下，VMD 计算径向分布函数的时候，对于盒子是否有要求？
我用方盒子可以得到结果，但是对于六角盒子 ...

这个还这没试过，我的盒子都是正交化之后的

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-11-5 09:54:16

乐平发表于 2024-11-4 10:12
请教一下，VMD 计算径向分布函数的时候，对于盒子是否有要求？
我用方盒子可以得到结果，但是对于六角盒子 ...

VMD报错不是只看那个弹窗哦，而得看命令行的提示，比如像这帖就有截图。命令行的说法"ERROR) measure gofr: only orthorhombic cells are supported (for now)"明确说了，VMD的RDF计算插件目前仅支持正交盒子。

社长在这帖提到的解决方法是改用GROMACS，先用gmx make_ndx创建原子序号的索引文件，然后gmx rdf计算g(r)。

乐平 · 发表于 Post on 2024-11-5 17:04:35

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-5 09:54
VMD报错不是只看那个弹窗哦，而得看命令行的提示，比如像这帖就有截图。命令行的说法"ERROR) measure gof ...

感谢指点！

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