求助！如何消除CNT管口的真空区？

wgg1181543722 · 发表于 Post on 2019-11-2 22:54:44

浸在水中的CNT，在初始构型中，掏空了管中的水，用parrinello-rahman，isotropic控压，管口的位置会出现真空区，
根据社长说的，调换位置使CNT垂直于z轴，用berendsen，semiisotropic，XY方向可压缩系数设0，Z方向设纯水的，它会出现盒子变的超大，真空区变得更多的情况
今天社长说我的体系没必要用berendsen，那么到底该怎么操作，希望老师指点一下。困扰很久了。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-3 07:54:19

我没说“体系没必要用berendsen”
在达到平衡之前一般都建议用berendsen压浴

我说的用semiisotropic是针对那个两层石墨烯中间一个管的情况，不是对这个体系而言的

拿berendsen压浴+isotropic跑，还有问题就上传完整mdp

wgg1181543722 · 发表于 Post on 2019-11-3 20:56:12

sobereva 发表于 2019-11-3 07:54
我没说“体系没必要用berendsen”
在达到平衡之前一般都建议用berendsen压浴

老师，平衡相，先用berendsen 压浴，不固定CNT的位置，产生相用Parrinello压浴，固定CNT的位置，可以消除真空区，但是CNT在平衡相的时候，会发生微小的变形；那么，平衡相，先用berendsen 压浴，固定CNT的位置，后续处理一致，有真空区。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-4 09:44:01

wgg1181543722 发表于 2019-11-3 20:56
老师，平衡相，先用berendsen 压浴，不固定CNT的位置，产生相用Parrinello压浴，固定CNT的位置，可以消 ...

我不知道你怎么固定的，如果是freeze，改成限制势
没有必要非得切换成PR压浴，很多文章把berendsen压浴的问题小题大做，对于粒子数较多的体系其实没什么显著问题

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