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[GROMACS] gmx cluster命令使用请教

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老师,使用gromacs模拟药物分子的自组装,比如水盒子中的20个分子最终团聚成为一个整体的大分子,打算使用gmx cluster -f run.xtc-s run.tpr -n index 命令输出团簇数随时间变化的函数、团簇的大小等参数。但是用这个命令得到的结果非常不准确,(比如团簇数实际是变少的,但是分析结果显示是增多的。)gmx clustsize也有同样的问题。
想请教一下分析团簇的命令应该如何使用呢?感谢。

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发表于 Post on 2019-11-5 19:16:06 | 只看该作者 Only view this author
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才适合使用
clustsize才是用来统计簇的尺寸和数目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-12 18:51:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

好的,谢谢老师,可是为什么我用cluster得到的xvg文件中,团簇个数全部是1呢?

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发表于 Post on 2019-11-13 22:08:29 | 只看该作者 Only view this author
daydayup 发表于 2019-11-12 18:51
好的,谢谢老师,可是为什么我用cluster得到的xvg文件中,团簇个数全部是1呢?

8成是cutoff设的不合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-14 16:32:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-12-23 10:40:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

请问老师,我想算这个体系中团簇的大小,该选哪个组呢,是group 0 吗?
Select group for least squares fit and RMSD calculation:
Group     0 (         System) has 25080 elements
Group     1 (          Other) has 25010 elements
Group     2 (             C2) has   190 elements
Group     3 (           Tf2N) has   150 elements
Group     4 (            C12) has  1470 elements
Group     5 (             Cl) has    70 elements
Group     6 (             EO) has 17400 elements
Group     7 (            no3) has  5800 elements
Group     8 (            Ion) has    70 elements
Group     9 (             C2) has   190 elements
Group    10 (           Tf2N) has   150 elements
Group    11 (            C12) has  1470 elements
Group    12 (             Cl) has    70 elements
Group    13 (             EO) has 17400 elements
Group    14 (            no3) has  5800 elements
Group    15 (         System) has 25080 elements
Select a group:

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发表于 Post on 2019-12-23 18:38:36 | 只看该作者 Only view this author
LuckyLynn 发表于 2019-12-23 10:40
请问老师,我想算这个体系中团簇的大小,该选哪个组呢,是group 0 吗?
Select group for least squares ...

选对应你的团簇的组
当前体系这么混杂,体系里不只有你要研究的团簇,显然不是0
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发表于 Post on 2020-1-2 17:56:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-23 18:38
选对应你的团簇的组
当前体系这么混杂,体系里不只有你要研究的团簇,显然不是0

谢谢,老师。老师,我还有几个问题是:在算有离子液体形成的簇大小时,我应该按分子归簇还是原子归簇呢?哪个会更好呢?那个-cutoff我需要根据RDF确定吗还是默认状态下的3.5埃米就可以呢?

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发表于 Post on 2020-1-3 11:59:45 | 只看该作者 Only view this author
LuckyLynn 发表于 2020-1-2 17:56
谢谢,老师。老师,我还有几个问题是:在算有离子液体形成的簇大小时,我应该按分子归簇还是原子归簇呢? ...

分子归簇

用默认的,发现不合适再调

没有叫“埃米”的单位
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发表于 Post on 2020-1-3 15:25:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-3 11:59
分子归簇

用默认的,发现不合适再调

是埃,不是埃米,我弄错了。谢谢老师。我使用命令:gmx_mpi clustsize -f md4.trr -s md4.tpr -n clustsize.ndx -o csize.xpm之后产生了好多文件                                                                                    clustsize.xpm/histo-clust.xvg/maxclust.xvg/avclust.xvg/csize.xpm/csizew.xpm/nclust.xvg 我该分析clustsize.xpm呢还是哪个文件呢?分析的时候还需要用到什么软件吗?比如Origin.还是其他的什么软件呢?

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发表于 Post on 2020-1-3 18:00:45 | 只看该作者 Only view this author
LuckyLynn 发表于 2020-1-3 15:25
是埃,不是埃米,我弄错了。谢谢老师。我使用命令:gmx_mpi clustsize -f md4.trr -s md4.tpr -n clustsi ...

分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了
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发表于 Post on 2020-1-3 20:46:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-3 18:00
分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

非常感谢sob老师。

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发表于 Post on 2020-1-6 12:22:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-3 18:00
分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

请问老师:这里的-cut off的值有没有具体的物理意义,例如我按分子归簇,-cut off设置的值是60,代表的意思是以某一个原子或分子为中心周围60埃以内分布的另一种分子划分为一个簇 吗?如果体系中的簇是由c12mimcl和h2o组成,-cutoff的值应该怎么设?是水分子中的O在c12mim+疏水链最后一个碳原子周围的径向分布函数图中的极小值吗?

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发表于 Post on 2020-4-7 17:53:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

借老师的这个回答请教一个问题
请问下,使用cluster对结构聚类的时候可以不使用rmsd作为比较结构差异的方法吗?使用别的参数作为比较不同帧之间结构差异的办法可行吗?

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发表于 Post on 2020-4-8 07:37:46 | 只看该作者 Only view this author
siclin 发表于 2020-4-7 17:53
借老师的这个回答请教一个问题
请问下,使用cluster对结构聚类的时候可以不使用rmsd作为比较结构差异的 ...

原理上可行,但是得自己改程序(其实自己写个往往更容易。诸如gromos归簇算法非常小儿科)
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