计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8668|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NBO相关] NEDA可靠吗?

[复制链接 Copy URL]

106

帖子

0

威望

4078

eV
积分
4184

Level 6 (一方通行)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
Natural energy decomposition analysis貌似可以解释E(2)能量比氢键键能大的问题,E(2)主要是电荷转移能(CT)的来源。但是deformation energy项,一般能量分解都没有这项,并且正值挺大的。所以求问大神,NEDA可靠吗?

NEDA .jpg (71.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 75)

NEDA .jpg

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-7-30 09:42:18 | 只看该作者 Only view this author
其实没必要解释本来就不可靠的E2,用于分子间弱相互作用讨论一方面是忽略了主要成分而夸大了次要成分,另一方面从原理上也本来就不准确,
基本上不太推荐用NEDA,其它能量分解方法用起来更方便。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

218

帖子

3

威望

4633

eV
积分
4911

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2015-7-30 12:46:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-30 09:42
其实没必要解释本来就不可靠的E2,用于分子间弱相互作用讨论一方面是忽略了主要成分而夸大了次要成分,另一 ...

GAMESS-US的LMO-DEA分析在CCSD(T)下做共价键的能量分解的精度,相比经常用的DFT下的ADF程序计算的精度那个会更好一些呢?LMO-EDA在文献中用的也并不多,以后的应用前景如何呢?
Monte Carlo

106

帖子

0

威望

4078

eV
积分
4184

Level 6 (一方通行)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-30 17:10:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-30 09:42
其实没必要解释本来就不可靠的E2,用于分子间弱相互作用讨论一方面是忽略了主要成分而夸大了次要成分,另一 ...

好的,非常感谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2015-7-30 18:43:19 | 只看该作者 Only view this author
youyno 发表于 2015-7-30 12:46
GAMESS-US的LMO-DEA分析在CCSD(T)下做共价键的能量分解的精度,相比经常用的DFT下的ADF程序计算的精度那 ...


其实没必要用CCSD(T),只有分解弱相互作用的时候才有必要通过这样高级别的后HF方法得到色散能。LMOEDA里面后HF的结果对于纯共价键其实和HF是一样的。
我建议还是在DFT下做LMOEDA分解。

ADF用的是morokuma能量分解,GAMESS-US在引入LMOEDA之前支持的就是这种morokuma方法,但ADF在普适性上做了些扩展,推广到了开壳层和DFT(而GAMESS-US的morokuma是原始形式,只能对RHF来做)。后来引入的LMOEDA普适性同样很强,现在引用次数已经不少了,肯定还会越来越多的,也算是免费程序中做能量分解的首选。如果有ADF可以用ADF,主要是速度比较快,如果没买就用LMOEDA就挺好。
ADF有个特长是ETS-NOCV,这个分解方法可以把轨道相互作用能和密度差给一一对应上,这一点是个优势。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

218

帖子

3

威望

4633

eV
积分
4911

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2015-7-30 23:31:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-30 18:43
其实没必要用CCSD(T),只有分解弱相互作用的时候才有必要通过这样高级别的后HF方法得到色散能。LMOEDA ...

谢谢指导!用GAMESS-US在DFT下对于共价键(或者说具有共价性质的化学键)做LMO-EDA的能量分解,在选择DFT是有没有什么要注意的,或者说值得推荐的泛函?
Monte Carlo

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2015-7-31 00:44:35 | 只看该作者 Only view this author
youyno 发表于 2015-7-30 23:31
谢谢指导!用GAMESS-US在DFT下对于共价键(或者说具有共价性质的化学键)做LMO-EDA的能量分解,在选择DFT ...

没有什么特殊的,常用的B3LYP就没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

2

威望

994

eV
积分
1046

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2015-9-24 21:13:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-30 18:43
其实没必要用CCSD(T),只有分解弱相互作用的时候才有必要通过这样高级别的后HF方法得到色散能。LMOEDA ...

老师好,GAMESS的LMODEA能量分解是不是不能用CCSD(T)做开壳层体系的计算呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2015-9-24 21:44:37 | 只看该作者 Only view this author
琦思2007 发表于 2015-9-24 21:13
老师好,GAMESS的LMODEA能量分解是不是不能用CCSD(T)做开壳层体系的计算呢?

原理上应该行,你可以试试。毕竟UHF能做LMOEDA,而UCCSD(T)本身也被GAMESS-US也支持,在UCCSD(T)上做LMOEDA只不过是把它的相关能当成色散作用能而已,原理上并无障碍。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

2

威望

994

eV
积分
1046

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2015-9-25 09:16:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-24 21:44
原理上应该行,你可以试试。毕竟UHF能做LMOEDA,而UCCSD(T)本身也被GAMESS-US也支持,在UCCSD(T)上做LMOE ...

sob老师,我分别使用UCCSD(T),UHF,CCSD(T)方法测试了一下,发现UHF,CCSD(T)输出的结果是一样的,UCCSD(T)直接报错了,附件如下,您帮忙给看下吧,谢谢老师

ccsd(t).out

1.52 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

uccsd(t).out

6.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

uhf.out

1.52 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2015-9-25 17:42:46 | 只看该作者 Only view this author
琦思2007 发表于 2015-9-25 09:16
sob老师,我分别使用UCCSD(T),UHF,CCSD(T)方法测试了一下,发现UHF,CCSD(T)输出的结果是一样的,UCCSD ...


是我记错了,GAMESS-US只支持RHF和ROHF的CCSD(T),不支持UCCSD(T)。
基于ROHF试试?(此时不支持并行)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

2

威望

994

eV
积分
1046

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2015-9-28 09:32:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我尝试了一下,发现如果 CCTYP=CCSD(T) 写在 $CONTRL关键词下,会报错“ROHF'S CCTYP MUST BE CCSD OR CR-CCL, WITH SERIAL EXECUTION”。如果输入文件中单独列出$ccINP CCTYP=CCSD(T) $END,计算过程中会忽略CCSD(T)的计算,因为输出结果和单独ROHF得到的结果完全一样。我认为GAMESS-US中的CCTYP不支持UHF,而ROHF不能计算CCSD(T),只能计算CCSD,对吗?那么如果我们要使用CCSD(T)方法做开壳层的LMOEDA计算该怎么办呢?谢谢老师。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2015-9-28 21:15:40 | 只看该作者 Only view this author
琦思2007 发表于 2015-9-28 09:32
老师好,我尝试了一下,发现如果 CCTYP=CCSD(T) 写在 $CONTRL关键词下,会报错“ROHF'S CCTYP MUST BE CCSD ...

那你就用ROHF结合CR-CCL吧,或者干脆用高斯之类其它程序计算UCCSD(T)和UHF算的相互作用能的能量差,以此作为色散项,纳入LMOEDA的UHF能量分解结果。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

2

威望

994

eV
积分
1046

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2015-9-28 22:08:29 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:20 , Processed in 0.179091 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list