求助：Gromacs水盒子里面如何模拟调整PH值？

lao7 · 发表于 Post on 2019-11-26 19:23:03

本帖最后由 lao7 于 2020-10-29 16:29 编辑

用gromacs计算蛋白质和离子之间基于H键结合作用。传统计算思路是，计算不同pH条件下肽的质子化，然后分别放入水盒子里计算。但实际情况是，当pH处于一个中性区间（例如5-7）的时候，肽不会发生质子化作用（蛋白质结构不变），换句话说模拟不出pH对非质子化蛋白质和离子间H键的影响。因此，需要在水盒子里面添加额外的H质子来解决这个问题。我的思路是往水盒子里面添加H质子。添加量为氢质子对应水的比例，例如pH7即为10^-7mol/L = 添加H数目/水分子个数）？不知道这样是否合适？请问有无更好的办法来模拟分子动力学过程中的氢键变化？

谢谢！

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确如Sob是所言，需要在Gromacs里面手动设置质子化情况，而且要一个个的设置。可以想象，如果是大体系，基本是不可能完成的任务。希望Gromacs以后的版本能改进，至少能给出蛋白质结构的质子化情况。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-26 22:47:36

目前版本的gmx没有constant PH，只有靠质子化态来体现pH。pH=5~7区间也未必质子化态就完全一样，可以用PROPKA之类的程序估计一下pH对实际质子化态的影响

添加质子不靠谱。而且质子在水当中是以水合质子存在的。而且在pH=5~7区间，其浓度也实在太低。

lao7 · 发表于 Post on 2019-11-27 11:57:24

sobereva 发表于 2019-11-26 22:47
目前版本的gmx没有constant PH，只有靠质子化态来体现pH。pH=5~7区间也未必质子化态就完全一样，可以用PROP ...

谢谢sobereva回复!

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