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[综合交流] 求助:分子动力学中系综如何选择

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各位老师,大家好!

       我有一个分子动力学的问题想请教一下,我想模拟25℃下,在不同溶剂中,药物分子与溶剂分子的氢键作用方式以及药物分子在溶剂中的构象

       我建了1个药物分子+500个溶剂分子的盒子,我想请教一下针对我这个体系跑分子动力学时,应该如何选择系综呢?

       我这个体系是不是直接用NVT就行了,还是要用NPTNVT的组合呢?或者还是要采用其他的系综呢?我看有的文献说,NPT是来调整体系的密度,对于我这个体系而言,因为药物分子只有一个,所以体系密度基本等于溶剂本身的密度,所以是不是就没有用NPT的必要呢?
       求各位老师能不吝赐教,谢谢!

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发表于 Post on 2019-12-3 04:20:01 | 只看该作者 Only view this author
先跑nvt升温再跑npt确保压力合适
npt基本对nvt是免费的,而且现实生活肯定是npt。
在微观环境下密度会很大,你没法在跑之前确定体积。

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发表于 Post on 2019-12-3 06:30:25 | 只看该作者 Only view this author
研究现实环境中的问题,若无特殊情况否则没有用NVT的理由,因为通常研究的现实情况就是等压环境。不要被一些瞎用NVT的文章误导了

如果初始模型搭建得不是很离谱,从头到尾一直用NPT就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-12-4 13:44:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-3 06:30
研究现实环境中的问题,若无特殊情况否则没有用NVT的理由,因为通常研究的现实情况就是等压环境。不要被一 ...

就是说,如果我用基本真实的溶解度来放入溶剂分子和溶质分子,那我光用NPT模拟就好了?那模拟时间一般是多少有没有一个可以参考的项

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发表于 Post on 2019-12-4 14:27:10 | 只看该作者 Only view this author
SSSjjjiao 发表于 2019-12-4 13:44
就是说,如果我用基本真实的溶解度来放入溶剂分子和溶质分子,那我光用NPT模拟就好了?那模拟时间一般是 ...

一般来说是如此

跑多久看具体体系和具体问题。反正现在计算机运算能力都比较强,要求准确的话,怎么也跑个几十ns,确保采样充分
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发表于 Post on 2019-12-6 12:16:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 14:27
一般来说是如此

跑多久看具体体系和具体问题。反正现在计算机运算能力都比较强,要求准确的话,怎么也 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-12-11 10:26:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-3 06:30
研究现实环境中的问题,若无特殊情况否则没有用NVT的理由,因为通常研究的现实情况就是等压环境。不要被一 ...

sob老师,请问先用NPT berendsen压浴得到密度为2.8,后来切换到PR压浴密度又变成了2.3。这密度变化合理吗。还是说我用berendsen压浴得到密度后,得用NVT?

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发表于 Post on 2020-12-13 04:28:31 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2020-12-11 10:26
sob老师,请问先用NPT berendsen压浴得到密度为2.8,后来切换到PR压浴密度又变成了2.3。这密度变化合理吗 ...

二者理应不会差这么多,至少有其中一方的控压参数设得有问题
当前没有用NVT的理由
不是说有绝对必要理由用NPT才用NPT,而是若没有特殊理由,就不该用NVT
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发表于 Post on 2020-12-13 13:25:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ocbrother 于 2020-12-13 14:02 编辑
sobereva 发表于 2020-12-13 04:28
二者理应不会差这么多,至少有其中一方的控压参数设得有问题
当前没有用NVT的理由
不是说有绝对必要理 ...

老师,我两种控压方式的参数都是默认设置。老师的意思是让我调整PR压浴的参数来让密度和前面相匹配吗?我是研究有机小分子在金属表面吸附,密度稳定后,能不能不改变压浴方式,一直用berendsen,只改变控温,把velocity scale 改成nose-hoover-langevin。

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发表于 Post on 2020-12-14 01:21:08 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2020-12-13 13:25
老师,我两种控压方式的参数都是默认设置。老师的意思是让我调整PR压浴的参数来让密度和前面相匹配吗?我 ...

不是刻意去匹配,而是用通常来说适合的压浴参数

用berendsen没有实际问题,但是容易被较真的审稿人吐槽
改变控温没有意义,velocity rescale用于所有阶段都是适合的,毫无必要切换到并不比此更好的nose-hoover
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发表于 Post on 2020-12-14 09:49:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-14 01:21
不是刻意去匹配,而是用通常来说适合的压浴参数

用berendsen没有实际问题,但是容易被较真的审稿人吐 ...

老师,我是研究有机小分子在液相下金属表面吸附的,跑平衡相用的berendsen 压浴 decay constant 是0.1ps,产生相PR压浴 cell time constant 是1ps。请问老师有关于压浴参数的建议吗

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发表于 Post on 2020-12-15 02:21:46 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2020-12-14 09:49
老师,我是研究有机小分子在液相下金属表面吸附的,跑平衡相用的berendsen 压浴 decay constant 是0.1ps ...

berendsen的tau_p通常用0.5 ps,PR压浴用2.5 ps
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发表于 Post on 2020-12-15 09:10:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-15 02:21
berendsen的tau_p通常用0.5 ps,PR压浴用2.5 ps

谢谢老师指点!

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发表于 Post on 2025-6-10 16:56:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-13 04:28
二者理应不会差这么多,至少有其中一方的控压参数设得有问题
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老师您好,如果研究初始体系包括溶质分子、良溶剂和不良溶剂三种分子类型,packmol搭建好模型之后三种分子式混在一起,真实情况可能会将溶质和良溶剂放在一起,想跑一段动力学确定合理的溶液状态,此时选择哪个系综呢?

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发表于 Post on 2025-6-10 22:01:09 | 只看该作者 Only view this author
cabbage 发表于 2025-6-10 16:56
老师您好,如果研究初始体系包括溶质分子、良溶剂和不良溶剂三种分子类型,packmol搭建好模型之后三种分 ...

没特殊情况,一律默认用NPT
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