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楼主 Author: Kellyyyy
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[Gaussian/gview] 如何从IRC输出文件中读出各个原子电子云或者分子的电荷分布的变化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-10 10:10:13 | 只看该作者 Only view this author
哦哦,原来必须得是fchk啊。
我参照sob老师的http://sobereva.com/199 博文 在自己电脑上生成的只有chk和out文档(大约有两百多个),请问如何用自带的windows系统上的高斯软件(高斯09 D01)把得到的所有chk文件打包式地转化为fchk文件啊?指令需要怎么输入呢还是说有别的插件?

麻烦解答一下,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-10 10:10:43 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-9 13:39
首先说一句,路径反斜线\会被转义,应该写两个\代表\。
VMD当然不能直接读Gaussian私有的二进制文件。想 ...

因为感觉一个一个转实在是太麻烦了

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发表于 Post on 2019-12-10 11:22:42 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-10 10:10
哦哦,原来必须得是fchk啊。
我参照sob老师的http://sobereva.com/199 博文 在自己电脑上生成的只有chk和o ...

卢老师的博文都有,我忘了是哪篇了。
Win10为例,双击计算机,右键单击属性,点高级系统设置,环境变量,在上面的或者下面的任何一个PATH(下面就行)里面点编辑,新建一个路径,输入g09.exe所在的目录(不包括g09.exe),然后再新建一个叫GAUSS_EXEDIR的变量,也写上刚才的路径。做完了后就可以命令行调用formchk.exe了。g16类似。Linux下原理一样,只要你安装没问题上面的应该是已经配置好的。
在想要处理的目录,打开一个命令行窗口,写
  1. for /r . %i in (*.chk) do formchk %i %~ni.fch
复制代码

回车就行了。或者把上面命令存成文本,改名叫.bat,双击批处理。好像批处理要把%换成%%。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-10 15:44:41 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-10 11:22
卢老师的博文都有,我忘了是哪篇了。
Win10为例,双击计算机,右键单击属性,点高级系统设置,环境变量 ...

嗯嗯,在同一篇博文里找到了。谢谢!
就是算出来的结果出现error:
out文件中显示:
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000

这是怎么回事呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-10 15:53:05 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-10 11:22
卢老师的博文都有,我忘了是哪篇了。
Win10为例,双击计算机,右键单击属性,点高级系统设置,环境变量 ...

还有就是VMD依然打不开fch文件呀。



这又是什么原因呢

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发表于 Post on 2019-12-10 18:19:57 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-10 15:53
还有就是VMD依然打不开fch文件呀。

我没说VMD能打开fch啊,不是说了先用Multiwfn生成轨道格点文件嘛。

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发表于 Post on 2019-12-10 18:22:00 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-10 15:44
嗯嗯,在同一篇博文里找到了。谢谢!
就是算出来的结果出现error:
out文件中显示:

error完整信息是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-10 23:17:25 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-10 18:22
error完整信息是什么?

Rotational constants (GHZ):      1.2902019      0.5685601      0.4466162
Standard basis: 6-311++G(d,p) (5D, 7F)
There are   337 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   327 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   327 basis functions,   505 primitive gaussians,   337 cartesian basis functions
    49 alpha electrons       49 beta electrons
       nuclear repulsion energy       759.2927058887 Hartrees.
NAtoms=   23 NActive=   23 NUniq=   23 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   327 RedAO= T EigKep=  1.60D-05  NBF=   327
NBsUse=   327 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   327
ExpMin= 3.60D-02 ExpMax= 9.34D+04 ExpMxC= 3.17D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1199.97032848     A.U. after   18 cycles
            NFock= 18  Conv=0.42D-08     -V/T= 2.0023
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000

然后是 Population analysis using the SCF density.

最后显示:
Input section not terminated by blank line.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l9999.exe

(这是算的IRC过程中每个态对应的能量及轨道分布)

你看看这是什么问题呢?IRC整个跑出来是没问题的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-10 23:18:28 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-10 18:19
我没说VMD能打开fch啊,不是说了先用Multiwfn生成轨道格点文件嘛。

好的,我尽快试一下。

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发表于 Post on 2019-12-10 23:18:53 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-10 23:17
Rotational constants (GHZ):      1.2902019      0.5685601      0.4466162
Standard basis: 6-311++ ...

输入文件最后空两行试试....

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-11 09:21:40 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-10 23:18
输入文件最后空两行试试....

本来全部都空了两行啊

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