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楼主 Author: wgg1181543722
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[GROMACS] 求助 -算“每个水分子的氢键数的分布”的脚本

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发表于 Post on 2022-1-9 10:07:00 | 只看该作者 Only view this author
老师,是气液体系,4*4*4的盒子,一半是水(1011个水分子),一半是气体臭氧分子体系

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发表于 Post on 2022-1-9 10:19:30 | 只看该作者 Only view this author
narroto 发表于 2022-1-9 10:07
老师,是气液体系,4*4*4的盒子,一半是水(1011个水分子),一半是气体臭氧分子体系

gmx hbond里你选的两个组各是什么?
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发表于 Post on 2022-1-9 17:14:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,我两个索引组都选的水water

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发表于 Post on 2023-2-26 21:36:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cheryl 于 2023-2-26 22:20 编辑

卢老师您好,对于这个帖子我有进一步的问题:如何计算一条链与水形成氢键的水分子个数?此链在水分子溶液中的模型,这条聚合度为8的壳聚糖(GNH)链,每个单元中含有2个H-O和一个N-H。请问以下两种方法,是不是第二种计算的才是形成氢键的水分子的个数?

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Screenshot 2023-02-26 at 21.38.37.png

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发表于 Post on 2025-9-3 10:32:51 | 只看该作者 Only view this author
老师我想请问一下,由gmx得出来的nhbdist文件,最多不是只能显示到形成3个氢键的水分子吗,可是一个水分子最多形成4个氢键(如楼主的首图),这样统计出来的数据不会不准确吗?拥有四个氢键的水分子数目又该如何统计呢

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