对于给定力场参数的烃类分子，如何通过GROMACS进行溶剂化能的计算？

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-12-18 16:43:20

请问对于给定力场参数的烃类分子，如何通过GROMACS进行溶剂化能的计算？
http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html上的方法说把电荷设置为0，但是这样的操作对溶剂化能的计算结果会有影响吧？

lewisbase · 发表于 Post on 2019-12-19 09:10:46

教程里面把电荷设为零只是为了简便，实际计算中要把范德华力和库伦力分别耦合，完成一个后再进行另一个

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-12-19 09:57:53

lewisbase 发表于 2019-12-19 09:10
教程里面把电荷设为零只是为了简便，实际计算中要把范德华力和库伦力分别耦合，完成一个后再进行另一个

请问您的意思是，计算中先和教程一样，先耦合库仑力为0情况下的自由能差，再在范德华力完全存在的情况下，耦合库仑力变化带来的自由能差，二者相加是最终的自由能差？

lewisbase · 发表于 Post on 2019-12-19 16:17:14

zc_charles_li 发表于 2019-12-19 09:57
请问您的意思是，计算中先和教程一样，先耦合库仑力为0情况下的自由能差，再在范德华力完全存在的情况下 ...

不是，是要先对范德华力从零到一进行耦合，耦合完成后再对库仑力从零到一进行耦合。比如你分别分三步进行耦合，那么总共应为六步，范德华力的lambda变化为0,0.5,1,1,1,1，库仑力的为0,0,0,0,0.5,1。这些其实在这个教程末尾都有详细的介绍，你可以再仔细看一下。

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-12-19 19:40:36

lewisbase 发表于 2019-12-19 16:17
不是，是要先对范德华力从零到一进行耦合，耦合完成后再对库仑力从零到一进行耦合。比如你分别分三步进行 ...

理解了，非常感谢

moluren · 发表于 Post on 2019-12-20 10:54:48

能否请问您，按照上述教程，您自己的体系，现在能否实现对溶解自由能的计算呢？非常感谢

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-12-20 13:20:27

moluren 发表于 2019-12-20 10:54
能否请问您，按照上述教程，您自己的体系，现在能否实现对溶解自由能的计算呢？非常感谢

还没算，算出来了可以交流交流

moluren · 发表于 Post on 2019-12-22 08:49:02

zc_charles_li 发表于 2019-12-20 13:20
还没算，算出来了可以交流交流

好的，我前段时间学习了一下，能够运行，但是运行结束，数据处理有点搞不懂，貌似需要一个脚本文件

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