新手做平衡相模拟报错求助

XZDZ · 发表于 Post on 2019-12-31 10:48:09

各位老师，麻烦帮忙看看，我在做平衡相模拟的时候，遇到这样的报错：

（这是输入gmx mdrun -v -deffnm eq 语句之后的报错），上一步执行的是gmx grompp -f eq.mdp -c system.gro -p topol.top -o eq.tpr -maxwarn 1。相关的四个文件也已上传。
感谢各位

eq.tpr (274.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

topol.top (415 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

system.gro (433.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

eq.mdp (842 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

灰天皮匠 · 发表于 Post on 2020-1-1 09:16:19

本帖最后由灰天皮匠于 2020-1-1 09:18 编辑

之前社长发过的图，在哪个帖子记不清了，可以参考一下。
从你的报错信息来看，盒子的设置不合理吧

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-2 19:30:47

光是初始结构就很莫名其妙，有的水都插到体系中央去了
先把水去掉，确保体系能跑了，再加水，而且加水的时候注意检查水加的位置

XZDZ · 发表于 Post on 2020-1-5 07:24:59

sobereva 发表于 2020-1-2 19:30
光是初始结构就很莫名其妙，有的水都插到体系中央去了
先把水去掉，确保体系能跑了，再加水，而且加水的时 ...

好的，谢谢老师

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