amber并行效率比较低，记录一下。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2020-2-2 21:41:39

超算的资源。e5-2678v3，一个节点24核心。节点间使用IB网。采用impi，amber18，intel编译器。计算体系是30多万原子，NVT。
第一次试算，2个节点，48核心并行。速度4.47ns/day。

第二次试算，4个节点，96核心并行，速度5.27ns/day。

在各方面软硬件都比较合适的情况下，amber多核心并行效率非常低。
不忍直视，如无必要，amber还是只跑gpu吧。

biogon · 发表于 Post on 2020-2-3 11:41:31

多路GPU的并行效率有测试吗

ChaosChiao · 发表于 Post on 2020-2-3 23:25:07

biogon 发表于 2020-2-3 11:41
多路GPU的并行效率有测试吗

可以测试，但目前超算资源太紧张，排队比较难。如果有结果我发出来。

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-22 21:13:35

顶~期待博主更帖

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[并行运算] amber并行效率比较低，记录一下。