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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-13 22:21:21 | 只看该作者 Only view this author
梵墨 发表于 2024-5-13 16:17
有一个小问题请教一下哈:我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇,然后用xtb进行动力学模拟(温度400K, ...

用更低温度,或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起,库伦吸引作用那么强。
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发表于 Post on 2024-5-14 13:29:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-13 22:21
用更低温度,或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起,库伦吸引作用那么 ...

好的,谢谢卢老师

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发表于 Post on 2024-10-21 14:38:17 | 只看该作者 Only view this author
XTB现在有了一个做复合物的新功能(Docking Submodule ),这个填补了介于团族与单个分子之间的中等复合物的优化,里面有很多参数像--nostack,--pocket, --nstack INT,不知道怎么设置?卢老师有兴趣测试下其效果如何。

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发表于 Post on 2024-10-22 11:59:00 | 只看该作者 Only view this author
我看了下其参数文件,除了param_gfn0-xtb.txt,param_gfn1-xtb.txt,param_gfn2-xtb.txt,还有param_gfn1-si-xtb.txt, param_ipea-xtb.txt参数文件,有什么差别?

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