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[Material Studio] 如何在MS进行RDF分析前,选取一段平衡的轨迹进行平均?(不是全部轨迹的平均)

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第一次用MS做RDF分析,见文献中有说“ The RDF analysis was carried out in the interval from 600 to 1000 ps of simulations, where the dynamic shows a stable behavior ”。请问选取600-1000ps是取了这个区间内所有帧数的平均值吗?这个平均在MS中具体如何操作?答案急求,提前谢过大家了。

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发表于 Post on 2020-2-13 16:52:53 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-13 19:21:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小萌薇 于 2020-2-14 19:41 编辑

老师,再请问您一下,这个区间内的几百帧是怎么平均的呀?MS上我只找到了选取单帧的按钮。还是这几百帧每一帧都做一次RDF分析,然后把每帧进行RDF的分析数据都导出来做数值平均值。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-14 19:41:10 | 只看该作者 Only view this author

老师,再请问您一下,这个区间内的几百帧是怎么平均的呀?MS上我只找到了选取单帧的按钮。还是这几百帧每一帧都做一次RDF分析,然后把每帧进行RDF的分析数据都导出来做数值平均值。

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发表于 Post on 2020-2-16 09:39:33 | 只看该作者 Only view this author
小萌薇 发表于 2020-2-14 19:41
老师,再请问您一下,这个区间内的几百帧是怎么平均的呀?MS上我只找到了选取单帧的按钮。还是这几百帧每 ...

我从来不用M$做正经的动力学模拟,又巨贵又超慢又弱又极其不灵活
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-16 19:07:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-16 09:39
我从来不用M$做正经的动力学模拟,又巨贵又超慢又弱又极其不灵活

无论如何,谢谢老师的回复

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发表于 Post on 2020-7-16 18:15:20 | 只看该作者 Only view this author
小萌薇 发表于 2020-2-16 19:07
无论如何,谢谢老师的回复

你好,我最近也在尝试用MS计算RDF,但找到的参考资料比较少,请问你可以分享一些资料吗?像操作步骤之类的。非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-18 20:46:29 | 只看该作者 Only view this author
yilan0053 发表于 2020-7-16 18:15
你好,我最近也在尝试用MS计算RDF,但找到的参考资料比较少,请问你可以分享一些资料吗?像操作步骤之类 ...

我其实也没有什么其他参考资料。主要就是先知道你要选那些原子做分析,然后参考help文件把你想计算的原子做标记。最后在你分析的时候设定选取一段平衡轨迹做分析就好了。Help文件里也有具体教怎么做RDF分析的,你可以参考一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 21:06:21 | 只看该作者 Only view this author
yilan0053 发表于 2020-7-16 18:15
你好,我最近也在尝试用MS计算RDF,但找到的参考资料比较少,请问你可以分享一些资料吗?像操作步骤之类 ...

RDF的计算步骤在MS的Help文件里可以找到,我是又详细看了Help文件,最终解决了问题。建议你再看看文件,我没有额外的资料。

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asss + 1 谢谢

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