Gromacs 模拟界面体系结果构型诡异

realjun.zhou · 发表于 Post on 2020-2-19 19:39:16

如题，活性剂SDS力场文件由Acpype Server直接生成，其中电荷替换为RESP, 参考社长提供的方法。我重复几次，发现SDS最终呈现一种诡异的姿态排在界面上。我同时使用opls力场模拟相同情况，未出现这种情况，详见图。表面压力也有问题，稳定在60mN/m左右，按照opls模拟的结果，表面压应该在40-50mN/m。我同时按照相同的方法做了另一种活性剂 DTAC的模拟，结果正常。会不会是GAFF2对sds的参数不合理呢？大家有没有什么高见？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-21 16:50:32

我不知道你的RESP电荷具体是什么级别算的。如果之前是水模型下DFT算的，试试此文的RESP2：
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

如果RESP2也不行，在RESP2电荷下以OPLS的结构作为初始结构跑跑看。如果能维持住，也许是之前的某些巧合问题；如果还维持不住，可能是GAFF的LJ参数就不甚合理（但理应不会如此）。

ulosggs · 发表于 Post on 2020-2-21 19:26:42

力场参数对SDS聚集结构影响非常大。头基电荷不好，碳链二面角参数太硬都会导致这种液晶样的结构。

Molecular Dynamics Simulations of Sodium Dodecyl Sulfate Micelles in Water—The Effect of the Force Field
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp410689m

ulosggs · 发表于 Post on 2020-2-21 19:31:05

还有这篇，这里面给了GAFF适用的参数

Developing and Validating a Set of All-Atom Potential Models for Sodium Dodecyl Sulfate
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.7b00181

realjun.zhou · 发表于 Post on 2020-2-24 11:08:18

ulosggs 发表于 2020-2-21 19:31
还有这篇，这里面给了GAFF适用的参数

Developing and Validating a Set of All-Atom Potential Models f ...

我的OPLS 力场参数就是参考的这个，这个论文里Gaff力场参数和Acpype直接生成的基本一样，只是个别参数他提出了优化，我原封不动的再试试。谢谢

realjun.zhou · 发表于 Post on 2020-2-24 11:11:20

sobereva 发表于 2020-2-21 16:50
我不知道你的RESP电荷具体是什么级别算的。如果之前是水模型下DFT算的，试试此文的RESP2：
RESP2原子电荷 ...

我就是参照这个帖子计算的电荷，这个RESP2电荷能适用于OPLS力场么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-24 20:27:23

realjun.zhou 发表于 2020-2-24 11:11
我就是参照这个帖子计算的电荷，这个RESP2电荷能适用于OPLS力场么？

虽然不能说不能用，但OPLS-AA有专门适合的1.2*CM5电荷，兼容性已经被验证过，因此更推荐用这个。自行用Multiwfn算出来CM5电荷手动乘上1.2即可。

gaosimeng2001 · 发表于 Post on 2021-1-5 10:33:16

请问楼主问题解决了吗？我计算十六烷基硫酸钠也是遇到这样的问题，是力场的原因吗？

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