模拟过程中材料表面水分子挥发如何解决

mol · 发表于 Post on 2020-3-6 10:57:33

各位老师好，小弟最近在模拟材料和水的界面（因为上下表面不同，只研究上表面，所以没有做成材料在中间，水分子在两边的样子），格子高15nm，材料厚3nm，水层厚2nm，vdw的cutoff0.9m，静电用PME加和。发现md过程中有些水分子会挥发，因为格子是xyz周期性的，这些挥发掉的水分子会吸附在z方向镜像的材料下表面上，请问这种情况应该怎么解决？小弟拜谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-6 14:54:17

用wall挡住

mol · 发表于 Post on 2020-3-6 20:50:55

sobereva 发表于 2020-3-6 14:54
用wall挡住

多谢sob老师，小弟在采用如下设置模拟后发现仍然有部分水分子从z方向跨越墙跑上去，不知为何，是否mdp设置有误？
pbc=xy
nwall=2
ewald-geometry=3dc
wall-type=12-6
wall-r-linpot=2
wall-atomtype=C C
wall-ewald-zfac=3

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[综合交流] 模拟过程中材料表面水分子挥发如何解决

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