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[GROMACS] 为什么添加原子时出错No more replaceable solvent!

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离子溶液中有773个水分子,我想把64个SOL分子替换成NA离子,但是提示没有可以替换的溶剂分子了,明明很空旷啊,为什么呢?
gmx genion -sions_64.tpr -o solv.gro -p topol.top -pname NA –neutral


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发表于 Post on 2020-3-17 12:11:25 | 只看该作者 Only view this author
原本水不够多,而替换的太多,按照genion的算法没法加更多。改用packmol就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-10-14 08:07:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-17 12:11
原本水不够多,而替换的太多,按照genion的算法没法加更多。改用packmol就完了
分子动力学初始结构构建程 ...

请问所以genion无法生成相对较高浓度的盐溶液吗?谢谢。

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发表于 Post on 2021-10-14 08:23:03 | 只看该作者 Only view this author
Lida 发表于 2021-10-14 08:07
请问所以genion无法生成相对较高浓度的盐溶液吗?谢谢。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-4-27 11:49:09 | 只看该作者 Only view this author
我也遇到了,可以通过 -rmin 微调离子与非溶剂之间的最小距离,以减少位阻冲突。

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发表于 Post on 2023-6-20 14:35:27 | 只看该作者 Only view this author
821533922 发表于 2023-4-27 11:49
我也遇到了,可以通过 -rmin 微调离子与非溶剂之间的最小距离,以减少位阻冲突。

你好,具体怎么做的呢

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发表于 Post on 2023-6-20 20:30:23 | 只看该作者 Only view this author
zwy123 发表于 2023-6-20 14:35
你好,具体怎么做的呢


北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)ppt:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-6-20 21:46:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-20 20:30
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)ppt:


...

太感谢您了

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