为何VMD识别不出不同类型的原子？

vayne · 发表于 Post on 2020-3-25 21:09:19

pure石墨烯纳米带的结构是通过VMD生成的，然后在MS中掺杂了N原子；
后利用VMD读入MS输出的pdb文件（如图1，含有两种类型的原子）再通过命令转成LAMMPS计算所需的data文件，但是输出的data文件内只有一种原子类型（如图2）
这是为什么呢？请问各位老师如何解决。

mol · 发表于 Post on 2020-3-25 22:05:48

本帖最后由 mol 于 2020-3-25 22:07 编辑

应该是在MS里将C替换为N的时候出问题了，仔细检查N原子在性质浏览器里面的composition和name

vayne · 发表于 Post on 2020-3-26 15:24:49

mol 发表于 2020-3-25 22:05
应该是在MS里将C替换为N的时候出问题了，仔细检查N原子在性质浏览器里面的composition和name

!!!!对的，就是您说的问题！name没有替换成N。我是试了OVITO转换后还不成功，才想到原因可能出在MS一块！谢谢您的回复！

vayne · 发表于 Post on 2020-3-26 15:25:14

解决啦是因为MS里的元素名称没有换回N！

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