求助聚苯乙烯和根皮苷体系top文件书写问题

xzb · 发表于 Post on 2020-3-29 18:30:18

大家好，我用packmol构建了含有一个聚苯乙烯和一个根皮苷的体系，聚苯乙烯和根皮苷的拓扑文件（.itp）是由ATB网站获取。书写的top文件如下：

在填充溶剂后变为

接着运行能量最小化时出现错误，如下：

top文件中的molecules字段对应的分子名称与聚苯乙烯（ps）和根皮苷（LZDM）的itp文件中的分子名称相同。
请问是哪里出了问题呢？

snljty · 发表于 Post on 2020-3-29 20:16:15

本帖最后由 snljty 于 2020-3-29 20:36 编辑

你把关键信息全都截了没贴啊...关键信息是Fatal Error前面写的那个Error到底是什么，以及你的itp长什么样子。

xzb · 发表于 Post on 2020-3-29 20:24:06

snljty 发表于 2020-3-29 20:16
你把关键信息全都截了没贴啊...关键信息是Fatal Error前面写的那个Error到底是什么，以及你的itp长什么样子 ...

您好，完整的错误信息如下：

ps的itp文件

ps.itp (44.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)
根皮苷的itp文件

genpigan.itp (17.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

谢谢，麻烦您了！

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-3-30 11:33:04

用atb产生的top，要下载该网站上提供的gromos力场包。

nianbin · 发表于 Post on 2020-3-30 13:59:26

ATB网站已经说得非常清楚需要补充54a7_atb力场文件包

xzb · 发表于 Post on 2020-3-31 10:06:51

liuyuje714 发表于 2020-3-30 11:33
用atb产生的top，要下载该网站上提供的gromos力场包。

嗯嗯，我之前不知道从ATB下载的gromacs力场包要覆盖原有的力场包，现在知道了，谢谢

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[GROMACS] 求助聚苯乙烯和根皮苷体系top文件书写问题