QM/MM:Michaelis complex无法生成正确地psf

5506 · 发表于 Post on 2020-3-30 15:46:53

第一次发帖，求教个问题，

现在在做Michaelis complex的qm计算，但是蛋白与配体之间成键，做出来的psf，都是二者未成键的，力场用的是CHARMM,

配体和与之成键的氨基酸都在qm区，

请教一下，如何能做出二者成键状态的psf，

PDB ID: 6SZ4; 成键状态如图所示

多谢！！

5506 · 发表于 Post on 2020-3-31 15:49:01

都没人知道么

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[NAMD] QM/MM:Michaelis complex无法生成正确地psf