计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: Flights
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 关于cp2k输出的mulliken文件的分析问题

[复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2023-4-1 05:18:45 | 只看该作者 Only view this author
lihao2690 发表于 2023-3-30 10:29
谢谢sob老师,发现跑MD的话产生molden文件会使计算速率降低一倍左右,另外每一步会产生一个molden文件, ...

显然不应当每一步都产生,又降低速度又浪费硬盘又毫无必要

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

13

帖子

0

威望

527

eV
积分
540

Level 4 (黑子)

17#
发表于 Post on 2023-4-1 10:30:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-1 05:18
显然不应当每一步都产生,又降低速度又浪费硬盘又毫无必要

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的 ...

您说的确实如此,我发现如果每步都产生molden文件,计算速度会降低一倍。我是想看电荷随时间的演化,是不是必须每一步都生成molden呢?如果是这样,我如何提高运行效率呢?谢谢sob老师

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2023-4-2 04:44:30 | 只看该作者 Only view this author
lihao2690 发表于 2023-4-1 10:30
您说的确实如此,我发现如果每步都产生molden文件,计算速度会降低一倍。我是想看电荷随时间的演化,是不 ...

每隔一定步数产生一次就行了,比如10步一次。步长通常都很小,在极短尺度内原子电荷变化不会很显著。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

13

帖子

0

威望

527

eV
积分
540

Level 4 (黑子)

19#
发表于 Post on 2023-4-3 11:05:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-2 04:44
每隔一定步数产生一次就行了,比如10步一次。步长通常都很小,在极短尺度内原子电荷变化不会很显著。

好的,谢谢sob老师

13

帖子

0

威望

527

eV
积分
540

Level 4 (黑子)

20#
发表于 Post on 2023-4-18 15:28:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-2 04:44
每隔一定步数产生一次就行了,比如10步一次。步长通常都很小,在极短尺度内原子电荷变化不会很显著。

sob老师,每隔一定步数产生一次,关键词怎么写呢?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

21#
发表于 Post on 2023-4-19 04:27:41 | 只看该作者 Only view this author
lihao2690 发表于 2023-4-18 15:28
sob老师,每隔一定步数产生一次,关键词怎么写呢?

参考北京科音CP2K第一性原理培训班的ppt


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

13

帖子

0

威望

527

eV
积分
540

Level 4 (黑子)

22#
发表于 Post on 2023-4-20 14:40:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-19 04:27
参考北京科音CP2K第一性原理培训班的ppt

收到,感谢

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

23#
发表于 Post on 2023-8-28 15:49:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2023-8-28 15:52 编辑
sobereva 发表于 2020-4-5 15:04
仔细看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)了解原 ...

请问老师,我是用cp2k得到的molden文件按照您的帖子操作的,但是就是得不到您帖子和楼主这样的结果,请问是什么原因呢?文件太大,无法上传,附上图片

结果.png (37.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

结果.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

24#
发表于 Post on 2023-8-28 16:53:30 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-8-28 15:49
请问老师,我是用cp2k得到的molden文件按照您的帖子操作的,但是就是得不到您帖子和楼主这样的结果,请问 ...

语义不明
如果你是指看不到alpha和beta电子布居数,那是因为当前体系是闭壳层的
另外,total net charge数值那么离谱,明显你没按照下文对molden文件做恰当的修改
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

25#
发表于 Post on 2023-8-28 17:22:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2023-8-28 17:25 编辑
sobereva 发表于 2023-8-28 16:53
语义不明
如果你是指看不到alpha和beta电子布居数,那是因为当前体系是闭壳层的
另外,total net charg ...

谢谢老师回复,我是指结果没有得到自旋布居的值。另外因为文件太大了,无法直接打开更改参数导致的,请问老师,不更改直接看原子布居可以吗?我只是想得到加入体系的额外电子的分布,想看看原子布居数的。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

26#
发表于 Post on 2023-8-28 19:59:53 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-8-28 17:22
谢谢老师回复,我是指结果没有得到自旋布居的值。另外因为文件太大了,无法直接打开更改参数导致的,请问 ...

闭壳层波函数当然不输出自旋布居,全都为0输出有什么意思。Multiwfn不做这么无意义的事

不可能无法打开,ultraedit打开几GB的文件也就瞬间的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

27#
发表于 Post on 2023-8-28 21:20:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 19:59
闭壳层波函数当然不输出自旋布居,全都为0输出有什么意思。Multiwfn不做这么无意义的事

不可能无法打 ...

谢谢老师,已经完成了

结果.png (51.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

结果.png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 00:37 , Processed in 0.183446 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list