求助，蛋白质复合物体系两条链中pdb2gmx的拓扑文件参数设置？

yogurt · 发表于 Post on 2020-4-11 10:05:06

1.是这样的，我的复合物体系是两条肽链的蛋白质，我想研究一下野生型和突变型的结合能力，然后使用pdb2gmx生成拓扑文件，我想请教一下，top中的[molecules]这里A链和B链在pdb2gmx时是算作一个，还是这样分开写？应该和是否按使用pdb2gmx中的ヽhainsep或者﹎erge有关。
2.再就是第一次能量最小化时突变型的A链和B链散开了，mdp文件里面是否需要加柔性水的define。

3.最后一个问题就是nvt中的位置限制，我的top文件中声明的位置限制对于这种体系是否可以这样写，还是要写成A链和B链复合的itp限制。（用一个itp还是两个itp）

恳求明白的大神回答我的问题中的哪一个都行。困扰好几天了。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-11 22:34:56

1 “ヽhainsep或者﹎erge有关”完全不知道你要表达什么
通常不同的链作为不同的[moleculetype]

2 这和水根本没有直接关系。怕散开也是对链本身加限制势

3 当前写法没问题

yogurt · 发表于 Post on 2020-4-12 10:43:42

谢谢sob老师，是pdb2gmx命令中的-chainsep或者-merge选项。就是我用PYMOL生成突变型的PDB文件中，没有包含野生型PDB中的LINK和SSBOND信息，我想问一下，这些信息对于动力模拟影响大么，是否是必须的。
再就是我将md.gro用VMD打开时，整个体系所有氨基酸都属于一条链X，不单独划分A链和B链了。请问这是正常的么？或者说是哪一步没做好么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-13 10:11:42

yogurt 发表于 2020-4-12 10:43
谢谢sob老师，是pdb2gmx命令中的-chainsep或者-merge选项。就是我用PYMOL生成突变型的PDB文件中，没有包含 ...

pdb2gmx判断二硫键是根据坐标判断的，不是根据pdb里LINK或SSBOND判断的。
本身gro格式就不体现链的信息

laoman · 发表于 Post on 2020-4-13 19:55:38

sobereva 发表于 2020-4-13 10:11
pdb2gmx判断二硫键是根据坐标判断的，不是根据pdb里LINK或SSBOND判断的。
本身gro格式就不体现链的信息

试过用specbond.dat定义了某两个原子之间要成键，里面会有一个距离上下限。如果输入的PDB里的距离超过了specbond.dat里的定义，pdb2gmx生成的topol文件就没有这个键的参数信息了。这种情况，要么在specbond.dat里调大阈值，要么手动调整输入PDB文件里的相应原子的距离。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-15 00:23:27

laoman 发表于 2020-4-13 19:55
试过用specbond.dat定义了某两个原子之间要成键，里面会有一个距离上下限。如果输入的PDB里的距离超过了s ...

还可以用-ss选项交互式选择对二硫键的判断

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