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[GROMACS] 求助,模拟一开始出现Segmentation fault (core dumped)报错

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eq.mdp (785 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 17)
waterbox.gro (67.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)
我看sob老师跑aNCI分析时用的2016.1,我用的2018.4,换用不同力场,情况依然是刚开始运行即报错,请各位老师帮忙看下是什么原因,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-13 16:09:30 | 只看该作者 Only view this author
不设置mdp文件中的冻结选项freezegrps、freezedim,同样报错,请各位大佬帮忙提提意见

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发表于 Post on 2020-4-13 16:11:56 | 只看该作者 Only view this author
你这是一上来就用的npt?能量极小化和预平衡都不做?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-13 16:25:31 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-4-13 16:11
你这是一上来就用的npt?能量极小化和预平衡都不做?

感谢回复,我用的solvate命令直接插入的水分子,填入应该是已经平衡好的吧,所以就没有预平衡。我再去预平衡一下,看能不会解决问题。

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发表于 Post on 2020-4-15 00:07:08 | 只看该作者 Only view this author
我我这里的2019版再试
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)
http://sobereva.com/458http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html

如果还不行,用linux版

gmx solvate基于自带的已经NPT平衡好的gro产生的纯水盒子不需要再做能量极小化,但预平衡还是需要的(建议从0 K开始缓慢升温)

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欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-15 16:29:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-15 00:07
我我这里的2019版再试
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)
http://sobereva.com/458 ...

谢谢sob老师,我尝试先冻结了再能量极小化,后面就能继续跑了,后面分析轨迹文件得到的aNCI分析结果跟您给的例子基本一致。另外,我想请问下,如果分析水+多个苯酚、水+多个离子的模拟体系,这种情况aNCI分析还适用么?

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发表于 Post on 2020-4-16 13:27:53 | 只看该作者 Only view this author
rice 发表于 2020-4-15 16:29
谢谢sob老师,我尝试先冻结了再能量极小化,后面就能继续跑了,后面分析轨迹文件得到的aNCI分析结果跟您 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-16 19:08:37 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-18 21:32:20 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,还有个问题请教您:是不是做aNCI分析和空间函数分析时,必须固定一个分子不动?如果不把这个分子固定在盒子中心,是否也是可以的?

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发表于 Post on 2020-4-19 00:35:37 | 只看该作者 Only view this author
rice 发表于 2020-4-18 21:32
sob老师,还有个问题请教您:是不是做aNCI分析和空间函数分析时,必须固定一个分子不动?如果不把这个分 ...

不是必须固定不动,但如果不固定,之后你需要对这个分子做fit消除平动转动,并且让其处于盒子中央
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-21 14:24:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-19 00:35
不是必须固定不动,但如果不固定,之后你需要对这个分子做fit消除平动转动,并且让其处于盒子中央

好的,谢谢sob老师

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