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[GROMACS] 求助:gromacs计算体系的熵和焓随反应坐标的变化

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本帖最后由 xiaos 于 2020-4-20 18:31 编辑

各位老师好,在使用Gromacs计算体系的热力学性质和结合自由能时,有以下问题:1、如何计算体系随反应坐标变化的△H和-T△S?
2、如何将△H或-T△S分解到体系中各单体分子?

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热力学量随反应坐标的变化

热力学量随反应坐标的变化

QQ图片20200420084249.png (87.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

△H分解

△H分解

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发表于 Post on 2021-4-21 16:21:02 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您这个问题解决了吗?可以分享一下方法吗?谢谢。

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发表于 Post on 2021-4-21 21:22:32 | 只看该作者 Only view this author
同问,请问怎么解决?
我见青山多妩媚,料青山见我应如是。

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发表于 Post on 2021-5-3 03:41:23 | 只看该作者 Only view this author
1 大抵是定义一个特殊的坐标ξ,把动力学每一帧都投影到ξ上,对落在每个ξ小区间内的帧,都按照标准的计算H、G、S的公式进行计算(例如U、H就是分别对这些帧的势能、势能+PV取时间平均)
2 估计是用gromacs的energy group功能,把势能分解成不同组分间的相互作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-4 08:04:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-3 03:41
1 大抵是定义一个特殊的坐标ξ,把动力学每一帧都投影到ξ上,对落在每个ξ小区间内的帧,都按照标准的计算 ...

谢谢sob老师的解答,计算熵贡献时. 是否需要首先进行能量最小化(对非键相互作用不使用截断), 然后进行简正分析, 计算质量加权的Hessian矩阵, 并进行对角化, 最后再利用得到的频率计算熵贡献?

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发表于 Post on 2021-5-4 08:39:24 | 只看该作者 Only view this author
xiaos 发表于 2021-5-4 08:04
谢谢sob老师的解答,计算熵贡献时. 是否需要首先进行能量最小化(对非键相互作用不使用截断), 然后进行简 ...

E是势能,尖括号是时间平均

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-4 11:02:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-4 08:39
E是势能,尖括号是时间平均

谢谢sob老师的解答我尝试一下设置不同的energy group,再提取能量项进行分析

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