非周期性模拟遇到电荷组原子数目不匹配，如何解决？

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-23 12:38:25

老师，我在进行非周期性条件模拟，体系中含有两个氟离子，也就是体系整体带两个负电荷，使用grompp命令时出现错误：The largest charge group contains 33 atoms. The maximum is 32.请问这个问题应该如何解决呢？

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mol · 发表于 Post on 2020-4-23 14:46:41

意思是最大的电荷组只能有32个原子，不是不匹配的问题，lz可以检查下itp文件chargegroup那一列，适当调整一下即可。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-23 15:56:51

mol 发表于 2020-4-23 14:46
意思是最大的电荷组只能有32个原子，不是不匹配的问题，lz可以检查下itp文件chargegroup那一列，适当调整一 ...

那请问如果把一个原子改到另一个电荷组中，对最后的结果有影响吗？计算结果还可靠吗？

mol · 发表于 Post on 2020-4-23 17:54:43

Alan123 发表于 2020-4-23 15:56
那请问如果把一个原子改到另一个电荷组中，对最后的结果有影响吗？计算结果还可靠吗？

我认为没啥影响，电荷组只是为了防止静电相互作用在cutoff附近有较大波动。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-23 19:40:02

mol 发表于 2020-4-23 17:54
我认为没啥影响，电荷组只是为了防止静电相互作用在cutoff附近有较大波动。

好的，谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-23 20:04:06

Alan123 发表于 2020-4-23 15:56
那请问如果把一个原子改到另一个电荷组中，对最后的结果有影响吗？计算结果还可靠吗？

别让一个电荷组包含超过32个原子。本来电荷组过大就违背了电荷组方法的初衷。
你当前没有设静电作用截断半径，因此电荷组的归属随意设，不影响结果。甚至你让每个原子的电荷组序号都和原子序号相同都完全没问题。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-4-23 20:15:18

sobereva 发表于 2020-4-23 20:04
别让一个电荷组包含超过32个原子。本来电荷组过大就违背了电荷组方法的初衷。
你当前没有设静电作用截断 ...

嗯嗯，了解了，谢谢社长

园园乖 · 发表于 Post on 2020-8-14 22:11:51

请问楼主最后怎样设定的电荷组呢？我也遇到了同样的问题，谢谢您！

Alan123 · 发表于 Post on 2020-8-15 13:27:08

园园乖发表于 2020-8-14 22:11
请问楼主最后怎样设定的电荷组呢？我也遇到了同样的问题，谢谢您！

我有点忘了，好像就是按照sob老师说的解决方法解决的，就是将电荷组的原子个数设置的少了，对于模拟的结果没有影响，而且模拟过程不会出错

园园乖 · 发表于 Post on 2020-8-17 08:27:39

Alan123 发表于 2020-8-15 13:27
我有点忘了，好像就是按照sob老师说的解决方法解决的，就是将电荷组的原子个数设置的少了，对于模拟的结 ...

好的，我也是这样的，把每个原子设置成一个电荷组，就没有报错了

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