怎样在windows下载ambertools+acpype?

二饼妹 · 发表于 Post on 2020-4-23 17:29:22

想要创建GAFF力场的拓扑文件，想请教一下大家都是如何安装这两个软件的？

thanhtam · 发表于 Post on 2020-4-23 17:39:51

snljty · 发表于 Post on 2020-4-23 18:47:10

请不要同一个问题问三遍...

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-23 19:06:36

装个vmware虚拟机，照常安装ambertools就完了。ambertools安装流程搜论坛
VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39555524/

如果你懒得装ambertools，直接用在线版acpype，这里提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

PS：无论是单独用acpype还是用acpype在线服务器都建议Charge method用User，避免acpype试图计算AM1-BCC电荷，否则会调用SQM做半经验优化，对柔性大体系容易不收敛卡住，而且AM1-BCC远不如Multiwfn可以算的RESP或RESP2电荷适合用于MD。按下文把Multiwfn算的RESP/RESP2电荷替换进得到的拓扑文件里的[atoms]中即可
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

二饼妹 · 发表于 Post on 2020-4-24 12:22:37

本帖最后由二饼妹于 2020-4-24 13:44 编辑

liuyuje714 发表于 2020-4-23 17:51
重复，已删除

很谢谢你，我是刚接触分子模拟，自己在家琢磨，下载了这个安装包，但是具体安装步骤我还是很迷茫，可以请教一下你么。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-25 03:17:14

二饼妹发表于 2020-4-24 12:22
很谢谢你，我是刚接触分子模拟，自己在家琢磨，下载了这个安装包，但是具体安装步骤我还是很迷茫，可以请 ...

按我4L的回复做，少走弯路。acpype都提供了在线工具了，没法更贴心了，还自己瞎琢磨什么。不要无视别人的回复。

另外，同一个问题别在论坛里一堆帖子后面回复问，都给你删了。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 怎样在windows下载ambertools+acpype?