上百万原子的大体系选什么力场比较快呢

liuzejiang · 发表于 Post on 2020-4-24 18:54:25

做的是纳米颗粒包装蛋白、核酸的体系，参考文献用的是粗粒化力场Martini,但是文献原子数不到20万，我的体系要更大一个数量级，不知道该如何合理地加速计算？

liuzejiang · 发表于 Post on 2020-4-24 19:18:18

本帖最后由 liuzejiang 于 2020-4-24 19:55 编辑

考虑过用Martini+隐式溶剂，但参考了Sob老师的帖子了解到Martini的参数不齐全，然后隐式溶剂对核酸某些原子类型不支持。所以现在不知道怎么办才好

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-25 00:54:18

没有什么加速计算的方法。martini之类的粗粒化力场已经是描述精度的底线了
就算200万原子，也不算真正的巨大，一亿原子都有人用CHARMM+CGenFF全原子力场跑20 ns了（eLife, 5, e19274 (2016)）

liuzejiang · 发表于 Post on 2020-4-25 08:08:21

sobereva 发表于 2020-4-25 00:54
没有什么加速计算的方法。martini之类的粗粒化力场已经是描述精度的底线了
就算200万原子，也不算真正的巨 ...

明白了，原来是这样，非常感谢Sob老师！

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