求助：Gromacs能量最小化设置的困惑

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-29 23:18:24

我一般能量最小化都采用如下设置：integrator  = steep       ;
emtol    = 1000.0       ;  视情况设置100-1000
emstep    = 0.01       ;
nsteps    = 10000       ; 视情况设置5000-50000

不过最近看了一篇文献（研究蛋白质-蛋白质相互作用，pdb来源自RCSB），在文中最小化时先对重原子加力限制做5000步最小化，然后慢慢把力去掉，
最后再做了5000步最小化，此外在每轮最小化时还采用了先steep后cg的方式。

先steep后cg我在一定程度上还算认同（不过如果steep跑完fmax已经达到设定值似乎cg也意义不大吧？），为何最小化之前要做受限最小化呢？
按照我的理解，最小化正是将蛋白质一些不合理的坐标合理化（以便于后续做MD），一开始还对这些不合理坐标进行限制来最小化根本没必要呀。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-30 06:49:35

通常来说没必要这么折腾，虽说这么做更稳妥一些

如果观看极小化过程中某些重原子位置变化很厉害，已经不合理了，那么再考虑文中那么做

很多文章里做模拟的流程为了绝对稳妥多做了一些步骤，其实从实际来讲很多步骤都是多余的。

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-30 16:46:44

sobereva 发表于 2020-4-30 06:49
通常来说没必要这么折腾，虽说这么做更稳妥一些

如果观看极小化过程中某些重原子位置变化很厉害，已经不 ...

谢谢sob老师建议！

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