计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16079|回复 Reply: 14
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 关于高斯计算中反应条件的模拟应该怎么设置的问题

[复制链接 Copy URL]

198

帖子

0

威望

2242

eV
积分
2440

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
想请教一个问题,我计算的是有机化学反应,如果加入溶剂模型,就可以理解为水溶液(或其他溶剂)中的反应(比如水解),如果气态的反应呢,不加溶剂模型就好了么?但是,气态反应下的反应条件有很多种啊,这种简单的计算难道可以适用所有的反应条件么,比如加热的温度,反应的时间长短等。
不知道我描述清楚了我的问题了没有,谢谢各位老师指点
站在宇宙中心呼唤爱

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-9-14 20:48:54 | 只看该作者 Only view this author
反应的时间长短这不是直接量化计算中体现出来的。反应时间长短这是宏观实验上的问题,量化算的是微观的、发生一次反应过程时的情况。至于加热的温度,怎么体现取决于具体考虑方式,比如做从头算动力学用更高的温度(更高的动能),过渡态/极小点那些计算则在振动分析的时候设定温度来在所得的热力学数据中体现。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

198

帖子

0

威望

2242

eV
积分
2440

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-15 10:12:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-14 20:48
反应的时间长短这不是直接量化计算中体现出来的。反应时间长短这是宏观实验上的问题,量化算的是微观的、发 ...

恩恩,sob老师。量化计算的是基元反应,比如说两个例子 opt=(ts, calcfc, noeigentest)  freq B3LYP/6-31G(d)和 opt=(ts, calcfc, noeigentest)  freq B3LYP/6-31G(d) scrf=(scipcm,solvent=water)具体有什么不同呢,如果是同一个反应的话,比如吡喃式的葡萄糖开环的反应。这两种不同的写法,会有怎样的不同呢?就其中的一种而言,他是不是能代表很多很多条件的反应呢?如果是,是不是意味着同样的计算可以解释不同条件下,相同反应的的机理都是一样的呢?
问的感觉有点傻,但是就是转不过弯儿来
站在宇宙中心呼唤爱

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-9-15 11:16:18 | 只看该作者 Only view this author
kevin 发表于 2015-9-15 10:12
恩恩,sob老师。量化计算的是基元反应,比如说两个例子 opt=(ts, calcfc, noeigentest)  freq B3LYP/6-31 ...


后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境,这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介质来考虑。这会影响反应的IRC中的结构、能量等方面。
但是隐式溶剂模型没法表现溶剂与溶质之间的强作用,比如溶剂对反应有很强的影响进而导致机理的改变(强氢键、质子转移等),隐式溶剂模型就体现不出来,得用显式溶剂模型,也就是计算过程中把溶剂分子明确地画出来让它能够直接参与反应过程的计算。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

198

帖子

0

威望

2242

eV
积分
2440

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-15 14:22:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-15 11:16
后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境,这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介 ...

恩恩,谢谢sob老师。那我提到的第一种计算 opt=(ts, calcfc, noeigentest)  freq B3LYP/6-31 G(d)是不是对应的反应条件就很多了,就是不能明确针对一类反应了呢?
站在宇宙中心呼唤爱

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2015-9-15 14:38:15 | 只看该作者 Only view this author
kevin 发表于 2015-9-15 14:22
恩恩,谢谢sob老师。那我提到的第一种计算 opt=(ts, calcfc, noeigentest)  freq B3LYP/6-31 G(d)是不是 ...


量化研究的是微观的,而你说的那些条件很多都是宏观的,对于宏观上的反应条件,有很多从微观的角度去计算本身就注定反映不出来。你写的关键词,对应的微观情况就是:体系被当成处于1atm 298.15K的理想气体,考察其中分子发生反应时的过渡态结构。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
teao + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

198

帖子

0

威望

2242

eV
积分
2440

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-15 15:37:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-15 14:38
量化研究的是微观的,而你说的那些条件很多都是宏观的,对于宏观上的反应条件,有很多从微观的角度去计 ...

嗯嗯,谢谢sob老师,这次我明白了
站在宇宙中心呼唤爱

8

帖子

0

威望

239

eV
积分
247

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2015-9-17 16:16:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-15 11:16
后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境,这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介 ...

显式溶剂模型,与隐式溶剂相比,对于gaussian输入部分的溶剂化模型有区别吗?我按照您的解释理解是显示溶剂和隐式溶剂的区别就是把溶剂分子明确画出,输入部分没有差别?对吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2015-9-17 20:00:06 | 只看该作者 Only view this author
zhuxiaodiu 发表于 2015-9-17 16:16
显式溶剂模型,与隐式溶剂相比,对于gaussian输入部分的溶剂化模型有区别吗?我按照您的解释理解是显示溶 ...

是的。

画了溶剂分子,而且还用了SCRF关键词用了隐式溶剂模型,具体称为杂化溶剂模型。一般你要是明确画出溶剂分子的时候都这样用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

239

eV
积分
247

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2015-9-18 11:14:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-17 20:00
是的。

画了溶剂分子,而且还用了SCRF关键词用了隐式溶剂模型,具体称为杂化溶剂模型。一般你要是明确 ...

那写文章的时候,计算方法需要明确提出吗?您有相关文献参考吗?十分感谢 ~~

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2015-9-18 13:21:46 | 只看该作者 Only view this author
zhuxiaodiu 发表于 2015-9-18 11:14
那写文章的时候,计算方法需要明确提出吗?您有相关文献参考吗?十分感谢 ~~

你是指什么的计算方法?

文中计算细节部分总是要把计算方法进行说明的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

239

eV
积分
247

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2015-9-18 15:41:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-18 13:21
你是指什么的计算方法?

文中计算细节部分总是要把计算方法进行说明的。

就是计算细节部分,使用显示溶剂模型或者是您说的杂化溶剂模型需要具体说明吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2015-9-18 23:00:51 | 只看该作者 Only view this author
zhuxiaodiu 发表于 2015-9-18 15:41
就是计算细节部分,使用显示溶剂模型或者是您说的杂化溶剂模型需要具体说明吗?

需要说明。但没必要非得用“显式溶剂模型”、“杂化溶剂模型”这样的词,只要你说你往体系里放置了水分子,目的是什么就行了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

239

eV
积分
247

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2015-9-19 09:33:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-18 23:00
需要说明。但没必要非得用“显式溶剂模型”、“杂化溶剂模型”这样的词,只要你说你往体系里放置了水分子 ...

明白了 谢谢~~

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

15#
发表于 Post on 2015-9-24 09:43:19 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-15 11:16
后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境,这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介 ...

受益了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 08:54 , Processed in 0.164415 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list