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[新手求助] 大环共轭分子不会画

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       要处理苯并噻吩,二苯并噻吩,以及甲基取代的二苯并噻吩的表面吸附问题。但是不会画这些分子,小弟使用medea建模。希望大神指导一下画这些分子的细节。

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发表于 Post on 2015-9-14 22:23:47 | 只看该作者 Only view this author
最简单的方法,你在chemdraw里画出结构,然后复制粘贴到Chem3D里就有立体结构了。
gview绘制这样的结构也非常容易。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-14 22:36:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-14 22:23
最简单的方法,你在chemdraw里画出结构,然后复制粘贴到Chem3D里就有立体结构了。
gview绘制这样的结构也 ...

因为我要用medea-vasp算。能不能稍微讲讲,怎么直接在medea中建立这些分子的模型呢,比如分子片段拼凑,替换原子之类的手段。十分感谢哈!

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发表于 Post on 2015-9-15 08:22:28 | 只看该作者 Only view this author
lc00 发表于 2015-9-14 22:36
因为我要用medea-vasp算。能不能稍微讲讲,怎么直接在medea中建立这些分子的模型呢,比如分子片段拼凑, ...

medea没用过,要么就其他程序画完导入vesta,直接转化成poscar文件。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2015-9-15 11:23:14 | 只看该作者 Only view this author
lc00 发表于 2015-9-14 22:36
因为我要用medea-vasp算。能不能稍微讲讲,怎么直接在medea中建立这些分子的模型呢,比如分子片段拼凑, ...

用medea的人不多,我也没用过,你可以看看自带的help,商业程序的help一般都很详细,尤其是MS。

你在其它程序里建好结构,保存出medea能认的格式,再读进medea就行了。
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发表于 Post on 2015-9-18 21:40:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-15 11:23
用medea的人不多,我也没用过,你可以看看自带的help,商业程序的help一般都很详细,尤其是MS。

你在 ...

        sob大神好。我在处理二苯并噻吩DBT在固体表面的吸附,反应的时候。因为用VASP对分子结构优化不熟悉,想请问一下您,在二苯并噻吩DBT结构优化后,怎么才能知道已经优化好了呢,是看其中的各个键长吗?(是不是有实验手段,可以测量其中的各个原子的键长呢,然后与优化的结构相比较)。

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发表于 Post on 2015-9-18 23:03:36 | 只看该作者 Only view this author
liu_tiao 发表于 2015-9-18 21:40
sob大神好。我在处理二苯并噻吩DBT在固体表面的吸附,反应的时候。因为用VASP对分子结构优化不熟 ...

这个你在本论坛第一性原理版单独发个帖子吧,分类选VASP
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