主成分分析中的问题，关于prody的豪猪图。

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-18 13:04:08

我目前在想做PCA主成分的分析。所以使用了gromacs的教程，教程图片见下面命令：[size=1em]gmx[size=1em] covar[size=1em] -s [size=1em]../topol.tpr[size=1em] -f [size=1em]../traj.xtc[size=1em] -o [size=1em]eigenvalues.xvg[size=1em] -v [size=1em]eigenvectors.trr[size=1em] -xpma [size=1em]covar.xpm ascii covariances.dat

gmx anaeig -s ../topol.tpr -f ../traj.xtc -v eigenvectors.trr -eig eigenvalues.xvg -proj proj-ev1.xvg -extr ev1.pdb -rmsf rmsf-ev1.xvg -first 1 -last 1gmx anaeig -s ../topol.tpr -f ../traj.xtc -v eigenvectors.trr -eig eigenvalues.xvg -proj proj-ev2.xvg -extr ev2.pdb -rmsf rmsf-ev2.xvg -first 2 -last 2grep -v "^[#@]" proj-ev1.xvg | awk '{print $2}' > proj-ev11.datgrep -v "^[#@]" proj-ev2.xvg | awk '{print $2}' > proj-ev12.datpaste proj-ev11.dat proj-ev12.dat > ev1-vs-ev2.dat
grep -v "^[#@]" proj-ev1.xvg | awk '{print $2}' > proj-ev11.datgrep -v "^[#@]" proj-ev2.xvg | awk '{print $2}' > proj-ev12.datpaste proj-ev11.dat proj-ev12.dat > ev1-vs-ev2.dat
我使用上面的命令获得了PC1和PC2的特征向量值，后来我又想做豪猪图，所以使用了prody，通过VMD把gro和xtc文件转换成了pdb和dcd文件，发现生成的文件中也包含特征向量值，但是和通过上面命令生成的数值差别挺大。通过豪猪图，能看到复合体中的A链和B链具有相互背离的箭头方向。因为在文献中看到的豪猪图体系都是单链的体系，所以不知道像我这种双链的复合物体系，做豪猪图是否可行？期待老师的解答，万分感谢！另，想请教一下ANM模式和PCA模式的区别。

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-20 00:17:20

还有就是豪猪图的箭头的方向是代表运动的趋势么？

azero · 发表于 Post on 2020-5-20 23:34:24

数值差别大没什么问题，PC1和PC2做出的图相似就可以。分析前记得消除平动和转动,要不做出的分析好怪。
箭头应该是某个主要成分的运动方向，可以做PC1...PCX的豪猪图，差不多是这个意思吧

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-21 01:11:39

azero 发表于 2020-5-20 23:34
数值差别大没什么问题，PC1和PC2做出的图相似就可以。分析前记得消除平动和转动,要不做出的分析好怪。
箭 ...

那请问我使用prody pca -a -A --select calpha --pdb p38.pdb p38_100frames.dcd这个命令的时候，轨迹我选取得最后20ns的轨迹，那pdb文件是用md.gro转换的pdb还是我在最后20ns聚类以后得到的百分占比最高的团簇的平均结构的pdb作为输入？谢谢您！另外，消除平动和转动使用gmx trjconv这个命令么？

azero · 发表于 Post on 2020-5-21 16:11:43

消除平动和转动我习惯先用gmx trjconv -center -pbc mol ，再用gmx trjconv -fit rot+trans ，
prody我没用过，我是用Modevectors
可以搜一下使用VMD绘画豪猪图，用Pymol的Modevectors脚本绘画豪猪图有详细的教程

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-21 23:01:27

azero 发表于 2020-5-21 16:11
消除平动和转动我习惯先用gmx trjconv -center -pbc mol ，再用gmx trjconv -fit rot+trans ，
prody ...

谢谢。

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-22 17:58:06

azero 发表于 2020-5-21 16:11
消除平动和转动我习惯先用gmx trjconv -center -pbc mol ，再用gmx trjconv -fit rot+trans ，
prody ...

我想问一下您，平时我坐RMSD和RMSF以及氢键这些分析的时候需要消除平动和转动么？因为我想PBC处理之后的轨迹可以做后续很多的分析，所以就-whole -mol -nojump了一下。生成了md_whole_mol_nojump.xtc,不知道这个轨迹文件能不能用，用这个轨迹和原始的md.xtc去分析RMSD,RMSF还有氢键结合能这些的话，差别大不大？谢谢。

hyr95 · 发表于 Post on 2020-7-31 15:14:53

yogurt 发表于 2020-5-22 17:58
我想问一下您，平时我坐RMSD和RMSF以及氢键这些分析的时候需要消除平动和转动么？因为我想PBC处理之后的 ...

您好，请问做主成分分析的步骤是什么，要指定哪些信息？

陨落的花言 · 发表于 Post on 2020-10-13 20:24:47

azero 发表于 2020-5-21 16:11
消除平动和转动我习惯先用gmx trjconv -center -pbc mol ，再用gmx trjconv -fit rot+trans ，
prody ...

你好！请问不修正pbc有影响吗？我的结构形变不大，也没有跑出水盒子。我用NAMD做的模拟，没有tpr文件，不能用这条命令（gmx trjconv -center -pbc mol）修正pbc。我试了一下这条命令（gmx trjconv -fit rot+trans）可以直接用。

海的叹息 · 发表于 Post on 2021-3-27 21:51:30

请问一下是那篇文献有豪猪图的分析

gongrehk · 发表于 Post on 2022-9-17 15:03:34

azero 发表于 2020-5-20 23:34
数值差别大没什么问题，PC1和PC2做出的图相似就可以。分析前记得消除平动和转动,要不做出的分析好怪。
箭 ...

请问为什么要消除平动转动呢？

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[GROMACS] 主成分分析中的问题 ，关于prody的豪猪图。

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