【求助】关于晶面的溶剂可及面积和其表面积求解的操作

librakitty

在计算修正后的附着能时，用到了截图所用的公式。按文献说法是用MS中Connolly model计算的，Aacc是原胞中某晶面的溶剂可及面积，Abox是盒子中该晶面的总的表面积，按照我的理解这个应该是vdw表面。依照手册，vdw计算选用溶剂半径和connolly半径均为0计算获得，但是溶剂可及面积通过改变溶剂半径和connolly半径计算，要么没有要么和vdw计算结果相差很远，看起来完全是不合理的，求大神指导。另外文章中写道：For the Connolly surface calculations, the grid interval is 0.4000Å at a probe radius of 1.0 Å，想问这个探针半径是指的connolly探针半径吗？

jiewei

实在抱歉，我对这个领域不熟悉。

librakitty

jiewei 发表于 2015-9-15 12:28
实在抱歉，我对这个领域不熟悉。

谢谢您，能不能麻烦您告诉我您知道还有谁做这个呢？就是思想家公社里面的，谢谢了

卡开发发

For the Connolly surface calculations, the grid interval is 0.4000 Å; at a probe radius of 1.0 & Å

这里已经说明了要取Connolly surface，然后就剩下网格精度、vdW标度因子、Connolly半径
然后又有提示网格精度为0.4A，探针半径1.0A，Connolly的半径根据help文档：

Connolly radius: Specify the radius, in Å, of the Connolly probe used in calculating the atom volume field.

于是Connolly半径为1.0A，为啥要设置为0呢？

如果还不对的话，就得检查一下modify-element properties中各个元素的vdw半径是否和文献一致了。

我对这个几乎不懂，只是觉得help文档不是太难看

librakitty

您好，谢谢您，是这样的，他只是说用了Connolly计算，但是它所要的表面积（溶剂可及面积和晶面表面积却不是Connolly表面面积），对于晶面面积我认为是vdw表面积，按照手册此时就是要取0，但是溶剂可及面积我就不知道这个 probe 半径指的哪个了？

卡开发发

librakitty 发表于 2015-9-15 13:37
您好，谢谢您，是这样的，他只是说用了Connolly计算，但是它所要的表面积（溶剂可及面积和晶面表面积却不是 ...

前面没细看，作者指的Aacc应该是溶剂可及表面，应该1.0 A 取得是Initial solvent radius才对：

Initial solvent radius: Specify the initial solvent probe radius, in Å, used to display solvent and accessible solvent surfaces.

其他涉及到的半径参数都不影响。
Abox不就应该是盒子的S=lengthA*lengthB*sin(AB夹角)？
与vdw面没啥关系吧？

librakitty

卡开发发 发表于 2015-9-15 14:44
前面没细看，作者指的Aacc应该是溶剂可及表面，应该1.0 A 取得是Initial solvent radius才对：
其他涉及 ...

谢谢您，实际的模拟盒子是把原胞扩大加了真空层之后的，如果是盒子的表面积这个好像大的有点离奇。。。

卡开发发

librakitty 发表于 2015-9-15 14:50
谢谢您，实际的模拟盒子是把原胞扩大加了真空层之后的，如果是盒子的表面积这个好像大的有点离奇。。。

不是盒子的表面积，盒子的表面积是S=2(AB+BC+AxC)，现在只看2AB（要考虑夹角）就行了（假设C方向是真空方向），这个是Abox。
Aacc就是通过设定初始溶剂半径得到的溶剂可及表面。
因为你这个校正的term当中Aacc/Abox是比值，所以沿着A或B方向建立超胞完全不会影响这个比值。

librakitty

卡开发发 发表于 2015-9-15 15:07
不是盒子的表面积，盒子的表面积是S=2(AB+BC+AxC)，现在只看2AB（要考虑夹角）就行了（假设C方向是真空方 ...

谢谢您，这个我明白了，我看了一下参考文献，他只说了探针半径为1.0 angstrom,没有说这个是溶剂还是connolly的。我就想问问您，如果想自己确定溶剂半径取多少合适，要怎么计算得到呢？是计算溶剂分子的vdw体积，然后近似用球的体积公式来得到吗？十分感谢您的耐心解答。

卡开发发

librakitty 发表于 2015-9-15 17:28
谢谢您，这个我明白了，我看了一下参考文献，他只说了探针半径为1.0 angstrom,没有说这个是溶剂还是conno ...

直接参考http://sobereva.com/190还有http://sobereva.com/102

librakitty

卡开发发 发表于 2015-9-15 18:37
直接参考http://sobereva.com/190还有http://sobereva.com/102

好的，非常感谢您。