gromacs求助，如何粗粒化阿霉素？

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-5-20 11:05:30

小弟想粗粒化阿霉素，在其它论文没找到阿霉素全原子和粗粒化martini力场，即使找到了全原子力场，键角键能等参数取决于什么，完成粗粒化以后又如何去检测它的准确性呢？要和全原子对比什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-20 22:45:00

有实验数据就和实验对比（诸如密度等），没有就和靠谱的全原子力场模拟结果对比

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-5-31 17:34:28

衷心谢谢老师的回复，弟弟算是跨了专业，整个课题组也没有会全原子的。现在尝试做阿霉素的charmm力场，上传gauss.view生成的.mol2文件到CGenFF官网又会报错，不知道如何处理也不知道后续方向。[img]file:///C:/Users/86189/Desktop/Cache_-78805b2a13a4225e..jpg[/img]

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-5-31 17:41:39

衷心谢谢老师的回复，弟弟算是跨了专业，整个课题组也没有会全原子的。现在尝试做阿霉素的charmm力场，上传GAUSSVIEW生成的.mol2文件到CGenFF官网又会报错（Now processing molecule Molecule ...attype warning: carbon radical, carbocation or carbanion not supported;skipped molecule.），不知道如何处理也不知道后续方向,望老师指点迷津，也希望有人能有偿帮我解决粗粒化的力场问题。

ene · 发表于 Post on 2020-5-31 20:14:34

你有个羰基给画成了C-O单键，CGenFF自然识别不出。试试这个文件

dox.mol2 (3.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-5-31 22:00:09

非常感谢

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-6-3 13:15:18

根据这个帖子（http://sobereva.com/266）学习了一下先是用Gview生成了小分子的.mol2文件，上传到（https://cgenff.paramchem.org）网站上生成了对应的.str文件。最后用python脚本转完格式。为什么生成的.pdb文件结构有问题呢？是哪一步出错了吗？

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