求助：对一部分离子如何进行位置限制

昊彦祖 · 发表于 Post on 2020-6-2 09:59:52

各位老师，我的疑问是：位置限制是对分子内的某些原子进行限制，那么1个离子在[moleculetype]的定义中本身就是一个分子，序号是1。那么位置限制时如何做到对其中一部分进行限制呢

jackie · 发表于 Post on 2020-6-2 10:18:27

在pores.itp文件中设定你想固定的原子

昊彦祖 · 发表于 Post on 2020-6-2 11:25:59

jackie 发表于 2020-6-2 10:18
在pores.itp文件中设定你想固定的原子

[ moleculetype ]
; name nrexcl
POT 1

[ atoms ]
; nr type resnr residu atom cgnr charge mass
1 POT 1 POT POT 1 1.000 39.0983 ; qtot 1.000

钾离子的itp文件里就只有1个原子序号，那么在pores.itp里也只能对1号原子设置限制吧，那样就对体系里所有的钾离子都限制住了，我想对体系里的某几个钾离子限制

diaok · 发表于 Post on 2020-6-2 12:29:00

昊彦祖发表于 2020-6-2 11:25
[ moleculetype ]
; name nrexcl
POT 1

复制一遍改个名
把要固定的原子换成新的名字就好

jackie · 发表于 Post on 2020-6-2 15:55:23

昊彦祖发表于 2020-6-2 11:25
[ moleculetype ]
; name nrexcl
POT 1

应该可以从定义不同的链来做。比如把需要固定的K+定义成B链，其余不想固定的定义到C链，这样就生成posres_B.itp和posres_C.itp文件，在top_K_B.itp文件中包含posres_B.itp定义就好了

昊彦祖 · 发表于 Post on 2020-6-2 17:56:28

diaok 发表于 2020-6-2 12:29
复制一遍改个名
把要固定的原子换成新的名字就好

噢，感觉可行，谢谢了

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