使用MULE在势能面/自由能面上寻找最低反应路径

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-1-26 09:39:25

elpa 发表于 2023-2-16 19:58
最后几列具体是哪几列？应该一共5列，最后两列是微分。是不是只留前三列？能不能给我一个参考示例，fes.d ...

PMF和dat是一个格式，就是

CV1 CV2 ... CVn deltaG

mz121 · 发表于 Post on 2024-1-26 13:27:13

fhh2626 发表于 2024-1-26 09:36
你写个脚本，让自由能面填满整个空间，没有值的地方都填个很大的数就可以（Colvars和Plumed输出的自由能 ...

这个自由能是通过马尔可夫链得出的。我写了个脚本，填充了空间，但mule查找出来的自由能路径上的自由能值为0。我自由能文件中并未有0值，不知道为何mule会得到0值？

mz121 · 发表于 Post on 2024-1-26 13:35:04

本帖最后由 mz121 于 2024-1-26 13:36 编辑

fhh2626 发表于 2024-1-26 09:36
你写个脚本，让自由能面填满整个空间，没有值的地方都填个很大的数就可以（Colvars和Plumed输出的自由能 ...

这个自由能面是通过构建马尔科夫链得到的，现在我已经填满了空间，但mule查找的自由能路径上的自由能值大多数为0，我自由能面中没有0值，不知道mule为何会查找出0值？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-1-28 11:44:41

mz121 发表于 2024-1-26 13:35
这个自由能面是通过构建马尔科夫链得到的，现在我已经填满了空间，但mule查找的自由能路径上的自由能值大 ...

你的dat/pmf文件是等间隔的吗，你看看例子中的文件，弄成一样的格式应该就行

gehan · 发表于 Post on 2024-4-16 10:12:19

请问楼主，左上，左下和右上三个图是怎么绘制出的，二维等值面可以使用origin生成，图中的黑色路径的线是怎么在图中显示出来的，还有就右下的自由能变化曲线的横坐标是取什么为变量的呢？谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-16 14:22:36

gehan 发表于 2024-4-16 10:12
请问楼主，左上，左下和右上三个图是怎么绘制出的，二维等值面可以使用origin生成，图中的黑色路径的线是怎 ...

origin可以添加图层，添加一个图层画散点图就行了

右下角的图是以路径为坐标，如果你用的MULE的话会直接输出这个文件

gehan · 发表于 Post on 2024-4-18 10:01:24

fhh2626 发表于 2024-4-16 14:22
origin可以添加图层，添加一个图层画散点图就行了

右下角的图是以路径为坐标，如果你用的MULE的话会直 ...

谢谢您的回答，但是我使用MULE生成了.energy文件里是只有一列能量的数值，没有横坐标哎，不知道怎么设置路径为坐标。还有一个问题，请问有没有什么办法，找到势能面中的极小值点以及过渡态的位置后，怎么才能找到对应的结构呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-18 10:15:02

gehan 发表于 2024-4-18 10:01
谢谢您的回答，但是我使用MULE生成了.energy文件里是只有一列能量的数值，没有横坐标哎，不知道怎么设置 ...

横坐标就是0-1自己插值

MD会输出轨迹文件啊，在轨迹文件里面找

gehan · 发表于 Post on 2024-4-18 10:48:20

fhh2626 发表于 2024-4-18 10:15
横坐标就是0-1自己插值

MD会输出轨迹文件啊，在轨迹文件里面找

再次感谢，那请问是怎么根据势能面上极值点的信息，定位到MD轨迹文件中的哪一帧结构呢，是根据极值点的对应的CV1和CV2，然后去fes.dat,或者该文章中的.pmf文件中找到对应的值，然后在该文件中找到对应的帧数吗。还是说是自己看MD轨迹动画去找到想要极值点结构呢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-18 11:54:02

gehan 发表于 2024-4-18 10:48
再次感谢，那请问是怎么根据势能面上极值点的信息，定位到MD轨迹文件中的哪一帧结构呢，是根据极值点的对 ...

你知道极值点就知道CVs了，就可以去轨迹里筛选结构

zhonghaoxuan · 发表于 Post on 2025-6-23 10:48:52

老师您好，跟您请教一下，使用MULE的时候，我生成的反应路径上只有70个数据点，能量也只有70个，请问如何设置CONFIG文件可以使数据点更多呢

fhh2626 · 发表于 Post on 2025-6-27 20:06:27

zhonghaoxuan 发表于 2025-6-23 10:48
老师您好，跟您请教一下，使用MULE的时候，我生成的反应路径上只有70个数据点，能量也只有70个，请问如何设 ...

这是你提供的自由能面的精度决定的，你可以做一个插值或者平滑

zhonghaoxuan · 发表于 Post on 2025-7-3 09:37:27

fhh2626 发表于 2025-6-27 20:06
这是你提供的自由能面的精度决定的，你可以做一个插值或者平滑

非常感谢

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[程序/脚本开发] 使用MULE在势能面/自由能面上寻找最低反应路径