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[GROMACS] gmx里氢键的分析怎么感觉不对呢

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我算的是CNT中的水,由于尺寸的原因,水分子呈线性,有8个水分子,图片显示的是第一帧的情况,里面有9个氢未成键,7个成一个键的,正好是16个氢。但是,分析出来的nhbdist.xvg,却和观察的结果不一致,而且还存在一个氢成两个氢键的情况。请问老师,这是怎么回事。

G}R26BACVZ)W2YRTTP2DZD3.png (43.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

截图

截图

49B00SC]6IU~O0NXOOFD07P.png (19.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

49B00SC]6IU~O0NXOOFD07P.png

HB.gro

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第一帧的gro文件

nhbdist.xvg

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2#
发表于 Post on 2020-6-8 15:50:51 | 只看该作者 Only view this author
你当前只显示了一帧,而你统计的是整个轨迹。先改成只统计这一帧看看什么情况

另注意默认情况下,如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键,会被当成其中一个氢形成了多个氢键看待。用-nomerge可避免这种处理。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:48:03 | 只看该作者 Only view this author
谢谢

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